综上所述,此研究利用ATAC-seq技术,将数据与RNA-seq和FLGWAS数据整合,以全面理解WT和Li2突变体在纤维发育中的分子及遗传机制。研究确定了与纤维伸长相关的关键基因,为进一步研究棉花纤维伸长机制和表征参与Li2表型发育的特定基因提供了基础(图7)。这些关键基因的特征对于准确理解Li2突变体中短纤维表型的分子和遗传基础...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 代码语言:javascript 复制 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutof...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
图2 不同分化状态下心脏成纤维细胞的RNA-seq分析 二、 不同分化状态下心脏成纤维细胞的染色质图谱 对未受伤心肌和梗塞区的心脏成纤维细胞进行了ATAC-seq分析(图3),来研究在MI后心脏成纤维细胞的激活和分化过程中染色质的可及性。结...
RNA聚类分析中,发现小麦再生过程中存在着时序基因表达,并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关;H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关;基于转录与染色质开放性的高度相关,研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从...
涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),...
作者整合了ATAC-Seq和RNA-Seq,发现一个与白血病无关的基因DAB1在T-ALLs中过表达、异常剪接和高度可及性。DAB1阴性的患者形成了一个独特的亚群,具有特别不成熟的染色质谱和SPI1(PU.1)的高度可及性结合位点,SPI1是一种对正常T细胞成熟至关重要的TF。总之,我们...
在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。