我们可以通过DNA可及性数据来评估每个细胞的质量控制指标,并排除那些指标异常的细胞。此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过 DensityScatter(...
接下来作者对ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组的数据进行联合分析(图8.A),GO分析显示了脂肪酸代谢通路的显著变化(图8.B),PPARα内源性配体是饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸或其衍生物,接下来使用气相色谱检测了肾脏中的脂肪酸水平,与对照组相比,UNX组中饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸浓度显著升高(图8.C),另外小鼠肾脏脂质含量...
我们可以通过DNA可及性数据来评估每个细胞的质量控制指标,并排除那些指标异常的细胞。此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-NucleosomeSignal(pbmc)pbmc<-TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
最后,整合RNA-seq和ATAC-seq数据,研究染色质状态的变化是否与DEGs相关。大多数DARs被定位于代表启动子可接近染色质的转录起始位点的300bp范围内,与对照组相比,Ru1处理组的转录起始位点区域的可及性有所增加。与预期的一样,基因表达水平与ATAC-seq信...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合起来就是散点图...
这篇文章主要是利用染色质可接近信息性来解析恶性疟原虫在红内期基因调控网络的特征 ,选这篇文章的原因是因为其用到了ATAC-seq和RNA-seq联合分析,其中也结合了部分Chip-seq的信息,比较全面。另外,其主要研究物种恶性疟原虫的基因组较小(23Mb左右),适合使用小服务器或者自己的电脑分析。