❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
今天给大家介绍一种新型荧光原位杂交方法:π-FISH rainbow,该技术突破了现有技术壁垒,克服了传统FISH检测的缺陷和不足,能够精准检测到不同物种(动物、植物和病原微生物等)中各种类型RNA(mRNA 、lncRNA、miRNA等),具有杂交效率高、信号放大能力强、背景噪音低、特异性好、检测通量高、应用范围广等优势。 该方法具备...
ceRNA:competing endogenous RNAs,内源竞争RNA,ceRNA可以通过应答元件(microRNA response elements,MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。 circRNAs:环形RNA,是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴,并以共价键形成环形结构的非编码RNA,含miRNA应答元件(miRNAresponse element,MRE),可充当竞争性内...
Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研...
7622 -- 36:53 App 【非编码RNA系列】非编码RNA基础——lncRNA 4806 1 11:05 App 【WB实验】western blotting检测信号通路操作流程,解说+演示 1264 -- 10:32 App 明显信号通路的调节机制 1973 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 1.2万 13 13:33 App 【转录调控】EMSA...
许多lncRNA被剪接和聚腺苷化[^8]，这导致它们被描述为“mRNA样”。然而，其他的lncRNA并不是聚腺苷酸...
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...
最后分析临床病人,发现lncRNA-ATB表达量在PVTT病人中的表达量高于HCC病人(N),并且lncRNA-ATB表达量与IL-11 mRNA表达量正相关(O)。 由这篇经典文献可见,分析lncRNA可能结合的miRNA并进一步验证下游靶基因mRNA的表达量,或分析lncRNA直接结合的mRNA,为我们研究转录组及转录水平调控提供了两种行之有效的研究思路。这样...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别
Cerna（竞争内源性RNA）的概念，由Salmena等人提出。[16]被描述为miRNA靶点（circRNA,lncRNA,mRNA和假...