❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
ceRNA:competing endogenous RNAs,内源竞争RNA,ceRNA可以通过应答元件(microRNA response elements,MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。 circRNAs:环形RNA,是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴,并以共价键形成环形结构的非编码RNA,含miRNA应答元件(miRNAresponse element,MRE),可充当竞争性内...
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
LncRNA靶基因预测数据库使用教程-LncRNA与miRNA相互作用预测 1958 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 2089 -- 29:04 App 【转录组学系列】医学方向mRNA测序数据挖掘策略解析 1628 -- 10:26 App 别人都在抱怨生信难学的时候,我已经玩转9+纯生信了! 739 -- 7:18 App 筛猜...
microRNA.org: 预测已知mRNA结合的miRNA:以H19为例 1. 打开主页面 2. 点击“targetmRNA”,对话框输入h19,选择种属 3. 点击“GO”,即可获取得到预测结合的miRNA 已知miRNA,查询该miRNA调控的mRNA:以mir-9为例 1. 打开主页面 2. 点击“miRNA”,对话框输入miR-9,选择种属 ...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别
Cerna（竞争内源性RNA）的概念，由Salmena等人提出。[16]被描述为miRNA靶点（circRNA,lncRNA,mRNA和假...
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...
「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。
所有研究的关键是智能芯片系统支持多种分析和样本配置的能力,因为每种疾病都有一套独特的、不断变化的生物标记。通过合作,我们帮助研究人员设计并利用多个mRNA、miRNA和lncRNA面板,这些面板可以在智能芯片系统上对他们感兴趣的疾病模型中的关键生物标记物进行高通量筛选。