根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR数据库中获得。结果发现只有15个有显着差异表达(表2)。在上述miRNA的基础上,利用StarBase和LncBase获得了106个常见的lncRNA-miRNA调控对(图7A)。与GEPIA的表达...
示例文件一共两个,“lncRNA_miRNA.txt”记录了lncRNA和miRNA的靶向关系,“miRNA_mRNA.txt”记录了miRNA和mRNA的靶向关系。 文献中的数据,lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA靶向关系表 对应靶向关系 首先将示例数据读入到R中,由于lncRNA-miRNA-mRNA的关系是分两张表记录的,需要将它们整合到一起,做个关系对应。 !!!***...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mircode数据库 3.这可能是最轻松易懂的lncRNA与miRNA介绍了...
首先，利用targetFinder预测了miRNA、mRNA和lncRNA的靶标基因，即miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA靶标基因的关系...
「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。 一般所说的「转录组测序」...
除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。一部分反义LncRNA可能因为与正义链的mRNA结合而调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性。所以,LncRNA的antisense分析,可以利用软件(如RNAplex)预测反义LncRNA与mRNA之间的互补配对关系,根据热力学...
之前我们推送过乳腺癌的数据分析“TCGA乳腺癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘”,肝癌的数据分析TCGA肝癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘,肺腺癌的数据分析“TCGA肺腺癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘”受到广大老师的喜爱,本文我们整理了TCGA胃癌的转录组数据,分析mRNA/lncRNA/miRNA的表达谱,以供老师研究参考。
2.1.2 变应性疾病中miRNA调控巨噬细胞极化:miRNA可靶向结合适配器蛋白和转录因子的mRNA,参与调控巨噬细胞活化和极化[44],从而参与变应性疾病的发生和发展。与巨噬细胞极化相关的miRNA在调控变应性疾病中的作用见表1。 表1 变应性疾病中调...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3'-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的剪切作用可形成miRNA 的前体,进而加工生成特异miRNA,调控靶基因的表达进而发挥功能;3) 个别lncRNA 可发挥内源性miRNA 海绵的功能,抑制miRNA的表达。因此,整合分析miRNA-lncRNA-mRNA之间的调控关系...