「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。 一般所说的「转录组测序」...
今天给大家介绍一种新型荧光原位杂交方法:π-FISH rainbow,该技术突破了现有技术壁垒,克服了传统FISH检测的缺陷和不足,能够精准检测到不同物种(动物、植物和病原微生物等)中各种类型RNA(mRNA 、lncRNA、miRNA等),具有杂交效率高、信号放大能力强、背景噪音低、特异性好、检测通量高、应用范围广等优势。 该方法具备...
所以我们主要的研究对象集中在mRNA、miRNA、lncRNA。 microRNA(miRNA):长度22nt左右,是内源性非编码小RNA。其实除了mRNA,基本上其它RNA都是非编码RNA,不能决定蛋白的氨基酸序列。miRNA的功能主要是调控RNA的转录,通过结合mRNA导致基因沉默,即可以导致靶基因表达下调。 lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂...
Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研...
7622 -- 36:53 App 【非编码RNA系列】非编码RNA基础——lncRNA 4806 1 11:05 App 【WB实验】western blotting检测信号通路操作流程,解说+演示 1264 -- 10:32 App 明显信号通路的调节机制 1973 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 1.2万 13 13:33 App 【转录调控】EMSA...
由这篇经典文献可见,分析lncRNA可能结合的miRNA并进一步验证下游靶基因mRNA的表达量,或分析lncRNA直接结合的mRNA,为我们研究转录组及转录水平调控提供了两种行之有效的研究思路。这样的研究不仅仅局限于相关性研究,更可以进一步探讨产生表型的深层调控机制,也更有利于高影响因子文章的发表。
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...
利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息 TCGA的ID转换可以一步到位了 如何下载注释文件 我们从TCGA下载的RNA基因,包括从生物公司做全基因测序的结果,一般都有将近6万个基因。默认给的基因名就是ensembl格式(也就是ENSG00开头的基因),当然公司一般都是给你一个注释文件,把你转换成symbol...
许多lncRNA被剪接和聚腺苷化[^8]，这导致它们被描述为“mRNA样”。然而，其他的lncRNA并不是聚腺苷酸...
对62个癌症数据集的ceRNA相互作用或单个基因（lncRNA、mRNA、miRNA或假基因）进行生存分析，并生成Kaplan...