「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。 一般所说的「转录组测序」...
所以我们主要的研究对象集中在mRNA、miRNA、lncRNA。 microRNA(miRNA):长度22nt左右,是内源性非编码小RNA。其实除了mRNA,基本上其它RNA都是非编码RNA,不能决定蛋白的氨基酸序列。miRNA的功能主要是调控RNA的转录,通过结合mRNA导致基因沉默,即可以导致靶基因表达下调。 lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂...
LncRNA靶基因预测数据库使用教程-LncRNA与miRNA相互作用预测 1958 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 2089 -- 29:04 App 【转录组学系列】医学方向mRNA测序数据挖掘策略解析 1628 -- 10:26 App 别人都在抱怨生信难学的时候,我已经玩转9+纯生信了! 739 -- 7:18 App 筛猜...
它们也具有已证明的功能，==反式作用调节RNA来源于传统上作为mRNA 3'未翻译区域的序列==。
microRNA.org: 预测已知mRNA结合的miRNA:以H19为例 1. 打开主页面 2. 点击“targetmRNA”,对话框输入h19,选择种属 3. 点击“GO”,即可获取得到预测结合的miRNA 已知miRNA,查询该miRNA调控的mRNA:以mir-9为例 1. 打开主页面 2. 点击“miRNA”,对话框输入miR-9,选择种属 ...
Cerna（竞争内源性RNA）的概念，由Salmena等人提出。[16]被描述为miRNA靶点（circRNA,lncRNA,mRNA和假...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...
利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息 TCGA的ID转换可以一步到位了 如何下载注释文件 我们从TCGA下载的RNA基因,包括从生物公司做全基因测序的结果,一般都有将近6万个基因。默认给的基因名就是ensembl格式(也就是ENSG00开头的基因),当然公司一般都是给你一个注释文件,把你转换成symbol...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...