「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等),下图清晰展示RNA家族分类(「红圈标记处是本文想要重点介绍的部分」)。 一般所说的「转录组测序」...
近来,首都医科大学北京安贞医院刘广志和杨亭亭研究团队在《Scientific Data》杂志上发表了题为“lncRNA, miRNA, and mRNA of plasma and tumor-derived exosomes of cardiac myxoma-related ischaemic stroke”的研究论文,该文章的第一作者是马琳博士,揭示了患者血浆和肿瘤组织来源外泌体中的长非编码RNA(lncRNA)、微小...
非编码RNA(包含microRNA和long no-coding RNA)在细胞分化和代谢等生命活动中扮演着举足轻重的作用。lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA...
今天给大家介绍一种新型荧光原位杂交方法:π-FISH rainbow,该技术突破了现有技术壁垒,克服了传统FISH检测的缺陷和不足,能够精准检测到不同物种(动物、植物和病原微生物等)中各种类型RNA(mRNA 、lncRNA、miRNA等),具有杂交效率高、信号放大能力强、背景噪音低、特异性好、检测通量高、应用范围广等优势。 该方法具备...
Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研...
1.数据收集和预处理 从TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)获得TSCC的基因表达数据(lncRNA、mRNA和miRNA表达谱数据)和相应的TSCC临床数据,收集126个TSCC样品和13个正常对照样品。在这些数据中,mRNA和lncRNA表达数据是基于Illumina HiSeqRNASeq平台获得的,而miRNA数据是从Illumina HiSeqmiRNASeq平台收集的。
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有mR...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3'-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的...