MicroRNAs(miRNAs)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,其大小长约20~25个核苷酸。通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA,并降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻译。而LncRNA(Long non-coding RNA, lncRNA),即长链非编码RNA,具有miRNA海绵的作用,可特异性吸附大量miRNA。与mRNA竞争性结合miRNA,从而在生命...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后，通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测，并通过双荧光素酶实验进行验证。本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍，希望对LncRNA研究方向...
结果表明,所有mRNA、lncRNA、circRNA和6个miRNA(hsa-miR-10a-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-214-5p、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-26a-5p和hsa- miR-486-5p)均具有良好的诊断价值(AUC>0.7,p < 0.05)(图8A-D)。Kaplan-Meier生存分...
基于测序分析得到的差异显著RNA,构建了lncRNA/miRNA/mRNA调控网络。在CA/CPR患者中共鉴定出56818对lncRNA/miRNA/mRNA靶标对,在OGD/R刺激的星形胶质细胞上清液中共鉴定出1387对lncRNA/miRNA/mRNA靶标对。进一步通过miRNA微阵列分析(图2A,D)和Starbase数据库搜索,选择miR-137作下一步研究。miR-137是CA/CPR患者血液和...
❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后,通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测,并通过双荧光素酶实验进行验证。 本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍,希望对LncRNA研究方向...
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研究人员比较公共TCGA和GEO数据库中可用的RNA测序数据,以确定在HCC和正常组织中不同水平表达的mRNA、lncRNA和circRNA,并预测差异表达(DE)circRNA和lncRNA的靶向miRNA,以构建HCC的预后circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。他们建立了一个七基因的HCC标记,并验证了预后标记中的一个中枢基因DTYMK,作为一种新的潜在生物...
使用microT、miRmap和TargetScan预测miRNA的潜在靶基因。 验证GCSC中miRNA的过表达。 检测miRNA过表达的GCSC中靶基因表达水平。 通过双荧光素酶报告基因测定验证miRNA与靶基因的互作。 GCSCs和GCNSCs中miRNA靶基因的表达水平。 GCSC和GCNSC中miRNA靶基因的Western Blot。
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也...