❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
不幸的是，lncRNA之所以被命名，是因为它们不是lncRNA，而不是它们是lncRNA。这种松散的描述源于这样一...
lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mircode数据库 3.这可能是最...
microRNA(miRNA):长度22nt左右,是内源性非编码小RNA。其实除了mRNA,基本上其它RNA都是非编码RNA,不能决定蛋白的氨基酸序列。miRNA的功能主要是调控RNA的转录,通过结合mRNA导致基因沉默,即可以导致靶基因表达下调。 lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调...
LncRNA靶基因预测数据库使用教程-LncRNA与miRNA相互作用预测 1958 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 2089 -- 29:04 App 【转录组学系列】医学方向mRNA测序数据挖掘策略解析 1628 -- 10:26 App 别人都在抱怨生信难学的时候,我已经玩转9+纯生信了! 739 -- 7:18 App 筛猜...
miRNA-mRNA-LncRNA-circRNA原位杂交探针 miRNA原位杂交检测探针具有高度的亲和活性和高超的碱基错配识别能力,无论是组织切片、细胞,或是经过甲醛固定、石蜡包埋的标本,都能精确检测其中的miRNAs。LNA是高亲和力的核酸类似物,它能够显著提高DNA寡核苷酸的杂交效率。吉荧生物合成的原位杂交检测探针运用了LNA的设计(约掺入30...
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别
图1：lncRNA、miRNA和mRNA的鉴定 图2：lncRNA和mRNA之间的比较分析 图3：干旱胁迫下差异表达的lncRNA...
lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3'-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的...