通过VITA平台即可快速进行高通量的单细胞lncRNA研究，让研究的广度、深度和效率都更上一层楼。
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
40分钟学会预测LncRNA的三种靶基因,顺式反式以及miRNA抑制基因,打通LncRNA分析的任督, 视频播放量 1144、弹幕量 0、点赞数 13、投硬币枚数 6、收藏人数 45、转发人数 6, 视频作者 尔云间, 作者简介 原创干货视频700+,干货软文1500+,喜欢分享也能做个性化服务的小云欢迎
1. lncRNABase 数据库功能: View the predicted miRNA-lncRNA interactions by scanning lncRNA sequences overlapping with CLIP-Seq peaks for potential microRNA targets (miRanda/mirSVR) and then output the detailed information. Here, we list predicted miRNA-target interactions overlapped with CLIP-Seq da...
在miRNA或lncRNA的研究中,其靶基因预测是一个关键步骤。miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk ...
(2)miRNA/mRNA共表达。(3)给定miRNA对其蛋白表达有可预测的影响。即用此miRNA的类似物可减少靶基因表达水平,而用此miRNA特异性抑制剂可增加靶基因的表达水平。(4)miRNA介导靶基因表达的调控导致相应的生物学功能的改变。 2 LncRNA的生物信息学预测 对lncRNA进行鉴定时,采取的策略是收集不同类型的数据(包括polyA ...
通过整合lncRNA与miRNA的不同相似性信息构建的lncRNA相似度矩阵以及miRNA相似度矩阵网络;使用二阶图卷积神经网络学习相似矩阵信息的二阶表示,同时将采用不同的图嵌入方法将得到的多种特征表示与二阶图表示进行特征融合,通过多层感知机(MLP)获取内部表示,将lncRNA与miRNA的特征向量信息通过内积融合得到评分预测矩阵,最后...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
研究ceRNA的第一步是寻找目的lncRNA可能结合的miRNA,今天,我们就介绍两个在线网站,使用它们,可以分别从三个层面(预测;实验辅助预测;实验证明,精确度逐步上升)搜索感兴趣的lncRNA可能结合的miRNA,助大家开启ceRNA研究的第一步。 以最早发现功能的lncRNA HOTAIR为例,带大家看看怎么寻找与lncRNA结合的miRNA。
预测lncRNA-miRNA结合数据库，不嫌多，不嫌多！1. DIANA-LncBase v2 2. LNCediting 3. NPInter v3.0 4. lncReg 5. LNCipedia v4.0 6. lncRNASNP 7. starBase v2.0 8. LncRNAMAP 以上就是到⽬前为⽌，可能进⾏lncRNA-miRNA结合预测的数据库。⼋⼤数据库，你是否...