40分钟学会预测LncRNA的三种靶基因,顺式反式以及miRNA抑制基因,打通LncRNA分析的任督, 视频播放量 1008、弹幕量 0、点赞数 12、投硬币枚数 4、收藏人数 41、转发人数 5, 视频作者 尔云间, 作者简介 原创干货视频700+,干货软文1500+,喜欢分享也能做个性化服务的小云欢迎
(1)miRNA/mRNA靶相互作用得到验证。(2)miRNA/mRNA共表达。(3)给定miRNA对其蛋白表达有可预测的影响。即用此miRNA的类似物可减少靶基因表达水平,而用此miRNA特异性抑制剂可增加靶基因的表达水平。(4)miRNA介导靶基因表达的调控导致相应的生物学功能的改变。 2 LncRNA的生物信息学预测 对lncRNA进行鉴定时,采取的...
1.3.3 LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研究表明,lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA),与miRNA互作结合,形成ceRNA的竞争机制 以下是...
通常我们碰到的情况是预测某个LncRNA可能的miRNA,只要在miRNA sequence(s)位置输入对应的miRNA即可,按照fasta格式可输入多个miRNA。 如果要预测LncRNA与所有比如Human的miRNA的结合情况,那可以先从miRBase数据库下载mature序列,稍作整理即可用RNAhybrid进行预测。 需要注意的是,RNAhybrid预测LncRNA与miRNA结合位点并不是基于...
1、首先在http://www.targetscan.org/中输入你想了解的mRNA的基因symbol,然后会罗列出可能mRNA 3'UTR端结合的相关miRNA;如图下所示: 2、然后我们需要根据可能结合的miRNA再去预测可能结合的lncRNA,具体如何选择就看希望研究哪个基因了。那我们需要用到另外一个预测数据库:http://starbase.sysu.edu.cn/agoClipRNA....
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
在miRNA或lncRNA的研究中,其靶基因预测是一个关键步骤。miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk ...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 ...
通过整合lncRNA与miRNA的不同相似性信息构建的lncRNA相似度矩阵以及miRNA相似度矩阵网络;使用二阶图卷积神经网络学习相似矩阵信息的二阶表示,同时将采用不同的图嵌入方法将得到的多种特征表示与二阶图表示进行特征融合,通过多层感知机(MLP)获取内部表示,将lncRNA与miRNA的特征向量信息通过内积融合得到评分预测矩阵,最后...