通过VITA平台即可快速进行高通量的单细胞lncRNA研究，让研究的广度、深度和效率都更上一层楼。
(1)miRNA/mRNA靶相互作用得到验证。(2)miRNA/mRNA共表达。(3)给定miRNA对其蛋白表达有可预测的影响。即用此miRNA的类似物可减少靶基因表达水平,而用此miRNA特异性抑制剂可增加靶基因的表达水平。(4)miRNA介导靶基因表达的调控导致相应的生物学功能的改变。 2 LncRNA的生物信息学预测 对lncRNA进行鉴定时,采取的...
一、miRNA与mRNA结合预测miRNA是非编码调控小分子,通过抑制基因表达发挥作用,前体pri-miRNA、pre-miRNA通过核内的drosa酶作用,由核孔复合体进入至胞浆中,在通过Dicer酶的剪切,形成成熟的miRNA,AGO2可介导miRN…
miRNA靶基因预测数据库使用教程-TargetScan数据库的使用 6201 0 05:20 App GEPIA数据库使用教程-单基因_Survival Analysis 33.3万 379 07:36:03 App 【简介区免费领课】【基础科研系列课】【解螺旋】医学科研基础入门全面讲解,基本常识,数据套路,论证规律,帮你梳理细分科研领域 2.5万 49 01:29 App DeepSeek搭...
在miRNA或lncRNA的研究中,其靶基因预测是一个关键步骤。miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk ...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 ...
通过整合lncRNA与miRNA的不同相似性信息构建的lncRNA相似度矩阵以及miRNA相似度矩阵网络;使用二阶图卷积神经网络学习相似矩阵信息的二阶表示,同时将采用不同的图嵌入方法将得到的多种特征表示与二阶图表示进行特征融合,通过多层感知机(MLP)获取内部表示,将lncRNA与miRNA的特征向量信息通过内积融合得到评分预测矩阵,最后...
研究ceRNA的第一步是寻找目的lncRNA可能结合的miRNA，今天，我们就介绍两个在线网站，使用它们，可以分别从三个层面（预测；实验辅助预测；实验证明，精确度逐步上升）搜索感 兴趣的lncRNA可能结合的miRNA，助大家开启ceRNA研究的第一步。以最早发现功能的lncRNA HOTAIR为例，带大家看看怎么寻找与lncRNA结合的miRNA。1 ...
4. lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建:结合KEGG和软件分析的结果,建立相应的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用网络。 想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。 本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘,证明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促进肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR...