40分钟学会预测LncRNA的三种靶基因,顺式反式以及miRNA抑制基因,打通LncRNA分析的任督, 视频播放量 1144、弹幕量 0、点赞数 13、投硬币枚数 6、收藏人数 45、转发人数 6, 视频作者 尔云间, 作者简介 原创干货视频700+,干货软文1500+,喜欢分享也能做个性化服务的小云欢迎
一、miRNA与mRNA结合预测miRNA是非编码调控小分子,通过抑制基因表达发挥作用,前体pri-miRNA、pre-miRNA通过核内的drosa酶作用,由核孔复合体进入至胞浆中,在通过Dicer酶的剪切,形成成熟的miRNA,AGO2可介导miRN…
由于每种计算方法的有效性不同,下面3种计算方法应该被用来预测miRNA结合位点:miRanda、TargetScan和PicTar.这3种计算方法都允许研究者输入一个基因符号,这些计算方法将计算此基因内所有预测的miRNA结合位点。此外,这些计算方法可测定一个给定的miRNA所有的靶mRNA.因为不同的计算方法会预测出不同的miRNA结合位点,所以同时使...
信息准备:miRWalk 3.0既可通过输入miRNA,预测其调控的mRNA靶基因;也可通过输入mRNA,预测能调控该靶基因的miRNA,即双向预测。其中,miRNA输入格式支持miRNA names (e.g. hsa-miR-214-3p) 或 Accession numbers (e.g. MIMAT0000271);靶基因mRNA的输入格式支持Genesymbols (e....
LncRNA作为基因表达的重要调控角色之一，和很多科研方向都能联系起来，主要在于对分子机制的深挖。细胞发育...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
研究ceRNA的第一步是寻找目的lncRNA可能结合的miRNA,今天,我们就介绍两个在线网站,使用它们,可以分别从三个层面(预测;实验辅助预测;实验证明,精确度逐步上升)搜索感兴趣的lncRNA可能结合的miRNA,助大家开启ceRNA研究的第一步。 以最早发现功能的lncRNA HOTAIR为例,带大家看看怎么寻找与lncRNA结合的miRNA。
通过整合lncRNA与miRNA的不同相似性信息构建的lncRNA相似度矩阵以及miRNA相似度矩阵网络;使用二阶图卷积神经网络学习相似矩阵信息的二阶表示,同时将采用不同的图嵌入方法将得到的多种特征表示与二阶图表示进行特征融合,通过多层感知机(MLP)获取内部表示,将lncRNA与miRNA的特征向量信息通过内积融合得到评分预测矩阵,最后...