⑥Methylation通过分析TCGA和ENCODE数据库的数据,给出lncRNA相关的甲基化信息;⑦Variation将dbSNP数据库中的SNP位点映射到lncRNA上,同时提供来自COSMIC和ClinVar数据库的注释信息,以及1000G中的频率信息;⑧Interaction采用targetScan和miRanda两款软件预测lncRNA与miRNA的相互作用,取交集作为最终的结果,实验证据主要来自starbase...
这里,target Sequence(s)和miRNA sequence(s)可以是多个序列,“data input method”选择“File Upload”上传符合网站要求的文件。通常我们碰到的情况是预测某个LncRNA可能的miRNA,只要在miRNA sequence(s)位置输入对应的miRNA即可,按照fasta格式可输入多个miRNA。 如果要预测LncRNA与所有比如Human的miRNA的结合情况,那可以...
1.3.3 LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研究表明,lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA),与miRNA互作结合,形成ceRNA的竞争机制 以下是...
数据库总结 由于lncRNA的定位确实影响其功能的发挥,所以在进行研究之前进行一下预测总是没有坏处的。不然万一设计了ceRNA的实验,结果发现在细胞核里面不表达这个lncRNA。那就尴尬了。。
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发...
已知miRNA,查询该miRNA调控的mRNA:以mir-9为例 1. 打开主页面 2. 点击“miRNA”,对话框输入miR-9,选择种属 3. 点击“go”,即可获取miR-9调控的mRNA 数据库优化: http://microRNA.org是一款预测可以预测miRNA的靶标mRNA,以及引起靶标基因下调的得分值,以及miRNA的表达情况,也可以预测mRNA结合的miRNA,无法预测...
1、首先在http://www.targetscan.org/中输入你想了解的mRNA的基因symbol,然后会罗列出可能mRNA 3'UTR端结合的相关miRNA;如图下所示: 2、然后我们需要根据可能结合的miRNA再去预测可能结合的lncRNA,具体如何选择就看希望研究哪个基因了。那我们需要用到另外一个预测数据库:http://starbase.sysu.edu.cn/agoClipRNA....
网址链接:http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/。该数据库对lncRNA和miRNA的结合信息预测是基于259个研究结果整理。因此,该数据库得到的lncRNA-miRNA,相比还是可靠性比较高的。友情提醒:该网站目前没法直接检索,但是可以在“download”下进行下载。
目前是该工具基于700多个数据资源和各种工具链,AnnoLnc的系统性注释涵盖了基因组位置,二级结构,表达模式,转录调控,miRNA相互作用,蛋白质相互作用,遗传关联和进化。该网站具有直观的Web界面,可用于通过桌面和移动设备进行交互式分析,程序员可以通过标准的基于JSON的Web服务APIs进一步将AnnoLnc集成到他们的分析流程中。
在miRNA或lncRNA的研究中,其靶基因预测是一个关键步骤。miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk ...