该数据库由中科国学院生物物理所开发,包含了72万多个RNA-RNA结合数据,其中就包含lncRNA-miRNA结合预测。 4. lncReg 网址链接:http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/。该数据库对lncRNA和miRNA的结合信息预测是基于259个研究结果整理。因此,该数据库得到的lncRNA-miRNA,相比还是可靠性比较高的。友情提醒:该网站...
miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk 3.0数据库进行预测。 1.1miRWalk数据库简介 miRWalk(http...
该数据库由中科国学院生物物理所开发,包含了72万多个RNA-RNA结合数据,其中就包含lncRNA-miRNA结合预测。 4. lncReg 网址链接:http://bioinformatics.ustc.edu.cn/lncreg/。该数据库对lncRNA和miRNA的结合信息预测是基于259个研究结果整理。因此,该数据库得到的lncRNA-miRNA,相比还是可靠性比较高的。友情提醒:该网站...
这里,target Sequence(s)和miRNA sequence(s)可以是多个序列,“data input method”选择“File Upload”上传符合网站要求的文件。通常我们碰到的情况是预测某个LncRNA可能的miRNA,只要在miRNA sequence(s)位置输入对应的miRNA即可,按照fasta格式可输入多个miRNA。 如果要预测LncRNA与所有比如Human的miRNA的结合情况,那可以...
使用CPAT、CPC2和PLEK三种工具预测。其中CPAT仅限评估人类、小鼠、果蝇和斑马鱼4个物种，CPC2和PLEK可用于评估8个物种。人类、小鼠、果蝇和斑马鱼的CPAT潜在编码阈值分别为0.364、0.44、0.39和0.38，CPC2和PLEK的潜在编码阈值分别为0.5、0。3、与小非编码RNA的关联 显示LncRNA与miRNA或piRNA的基因组坐标重叠，...
那你可以试试这两个网站】常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个网站可以帮助大家解决此问题。O找不到与LncRNA互作...
targetscan.org/中输入你想了解的mRNA的基因symbol，然后会罗列出可能mRNA 3'UTR端结合的相关miRNA；如图...
LncBook还提供了多种资源查询，如27万条LncRNA的库、1867条功能已知的LncRNA库、3762种功能库、1502条与疾病相关的LncRNA库等，涵盖了管家LncRNA、组织特异性LncRNA、甲基化程度、SNP位点以及LncRNA和miRNA互作等信息。网站还内置序列比对、编码能力预测、分类和LncRNA编号转换等实用工具，大大方便了LncRNA...
进入该模块可以发现该数据库预测可以有两种方式来看lncrna和mirna是否有结合可能性分别是基于实验基础的exprimentalmodule和纯预测的predictionmodule 一个非常有用的lncRNA和miRNA结合预测工具 DIANA-LncBase V2来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,网址链接:/diana_tools/web/index.php?r=site...
① lncRNABase:http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php ② starbase:http://starbase.sysu.edu.cn/ ③ RegRNA2.0:http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/detection.html 数据库功能及用途: 1. lncRNABase 数据库功能: View the predicted miRNA-lncRNA interactions by scanning lncRNA sequences overlapping ...