miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk 3.0数据库进行预测。 1.1miRWalk数据库简介 miRWalk(
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发...
2、目的LncRNA的编码潜能 使用CPAT、CPC2和PLEK三种工具预测。其中CPAT仅限评估人类、小鼠、果蝇和斑马鱼4个物种，CPC2和PLEK可用于评估8个物种。人类、小鼠、果蝇和斑马鱼的CPAT潜在编码阈值分别为0.364、0.44、0.39和0.38，CPC2和PLEK的潜在编码阈值分别为0.5、0。3、与小非编码RNA的关联 显示LncRNA与miRNA或...
2、目的LncRNA的编码潜能 使用CPAT、CPC2和PLEK三种工具预测。其中CPAT仅限评估人类、小鼠、果蝇和斑马鱼4个物种,CPC2和PLEK可用于评估8个物种。人类、小鼠、果蝇和斑马鱼的CPAT潜在编码阈值分别为0.364、0.44、0.39和0.38,CPC2和PLEK的潜在编码阈值分别为0.5、0。 3、与小非编码RNA的关联 显示LncRNA与miRNA或piRNA的...
lncRNA除了跟miRNA进行相互作用以外,还可以通过碱基互补配对的方式同其他类型的编码或者非编码RNA 进行相互作用。LncTar网站就可以对这种互补配对关系进行预测。 网站的使用也非常的方便,只需要输入lncRNA 和target的RNA序列即可。 网站支持预测软件的下载,方便在本地进行大规模的预测分析 ...
预测lncRNA 亚细胞定位的网站 在整个基因转录翻译的过程当中,基因是在细胞核发生转录,然后出核到细胞质当中发生翻译。对 lncRNA 而言,由于lncRNA的功能主要还是通过影响其它基因来实现的。所以 lncRNA 在不同的位置影响的功能肯定也是不一样的。如果在细胞核,就是参与转录调控了,经典的方式还是影响ceRNA的方式来进行...
在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 ...
DIANA-LncBase V2数据库:来源于DIANA tools,是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库,DIANA-LncBase:提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。该网站可以预测lncRNA-miRNA结合可能性。 八、miRcode数据库 miRcode数据库:一个LncRNA转录组中推断的microRNA靶点图,当前版本中包括了10,419个LncRNA基因...
显示LncRNA与miRNA或piRNA的基因组坐标重叠,表明两个或多个基因共有一段DNA序列,包括大基因内包含小基因;前后两个基因首尾重叠;几个基因有一段DNA序列重叠等情况。重叠的序列可能是编码序列、调控序列或基因组特征(如CpG岛),对研究基因之间的相互作用十分重要。有重叠序列的情况下,点击view可查看重叠基因以及重叠序列...
LncBook还提供了多种资源查询，如27万条LncRNA的库、1867条功能已知的LncRNA库、3762种功能库、1502条与疾病相关的LncRNA库等，涵盖了管家LncRNA、组织特异性LncRNA、甲基化程度、SNP位点以及LncRNA和miRNA互作等信息。网站还内置序列比对、编码能力预测、分类和LncRNA编号转换等实用工具，大大方便了LncRNA...