2、目的LncRNA的编码潜能 使用CPAT、CPC2和PLEK三种工具预测。其中CPAT仅限评估人类、小鼠、果蝇和斑马鱼4个物种,CPC2和PLEK可用于评估8个物种。人类、小鼠、果蝇和斑马鱼的CPAT潜在编码阈值分别为0.364、0.44、0.39和0.38,CPC2和PLEK的潜在编码阈值分别为0.5、0。 3、与小非编码RNA的关联 显示LncRNA与miRNA或piRNA的...
miRWalk 3.0和DIANA-LncBase v2.0是两个常用的预测miRNA、lncRNA靶基因的数据库网站,本文就这两个网站介绍一下如何进行miRNA、lncRNA的靶基因预测。 1. miRWalk【miRNA-mRNA】 miRNA与mRNA之间的相互作用可通过miRWalk 3.0数据库进行预测。 1.1miRWalk数据库简介 miRWalk(http...
目前的lncLocator可以预测5个lncRNA的亚细胞定位,包括细胞质、细胞核、细胞质、核糖体和外泌体,在构建的基准数据集上的总体准确率为0.61。 11. 数据库名称:LncRMap 网址:lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw种属信息:人类功能:首先鉴定了lncRNAs并提供了lncRNAs及其同源蛋白编码基因的表达谱。其次,提供了lncRNAs的miRNA调节...
2、目的LncRNA的编码潜能 使用CPAT、CPC2和PLEK三种工具预测。其中CPAT仅限评估人类、小鼠、果蝇和斑马鱼4个物种，CPC2和PLEK可用于评估8个物种。人类、小鼠、果蝇和斑马鱼的CPAT潜在编码阈值分别为0.364、0.44、0.39和0.38，CPC2和PLEK的潜在编码阈值分别为0.5、0。3、与小非编码RNA的关联 显示LncRNA与miRNA或...
那你可以试试这两个网站】常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个网站可以帮助大家解决此问题。O找不到与LncRNA互作...
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发...
targetscan.org/中输入你想了解的mRNA的基因symbol，然后会罗列出可能mRNA 3'UTR端结合的相关miRNA；如图...
显示LncRNA与miRNA或piRNA的基因组坐标重叠,表明两个或多个基因共有一段DNA序列,包括大基因内包含小基因;前后两个基因首尾重叠;几个基因有一段DNA序列重叠等情况。重叠的序列可能是编码序列、调控序列或基因组特征(如CpG岛),对研究基因之间的相互作用十分重要。有重叠序列的情况下,点击view可查看重叠基因以及重叠序列...
http://www.cuilab.cn/lnctar预测和RNA的相互作用。http://pridb.gdcb.iastate.edu/RPISeq/ http:/...
上次我们介绍了如何实现mIRNA的靶基因预测,今天给大家看一下,如何实现lncRNA靶基因预测? 一、lncRNA是什么? 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA。 研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等...