需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达网络图分析示意图 3.3 LncRNAantisense分析 除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。
4. lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建：结合KEGG和软件分析的结果，建立相应的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用网络。想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘，证明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促进肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR-...
miR-411-3p和miR-24-3p在GCSCs和GCNSCs中的表达谱。 使用microT、miRmap和TargetScan预测miRNA的潜在靶基因。 验证GCSC中miRNA的过表达。 检测miRNA过表达的GCSC中靶基因表达水平。 通过双荧光素酶报告基因测定验证miRNA与靶基因的互作。 GCSCs和GCNSCs中miRNA靶基因的表达水平。 GCSC和GCNSC中miRNA靶基因的Western ...
在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3. 支持数据...
需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达网络图分析示意图 3.3 LncRNAantisense分析 除了Cis作用和Trans作用调控,LncRNA参与调控许多转录后进程时,与miRNA和snoRNA等小RNA类似的,这些调控往往与碱基的互补配对有关。一部分...
miRNA可通过与特定靶mRNA的广泛碱基配对诱导其衰变,这一过程被称为TDMD,其中广泛的碱基配对可促进AGO2的结构重排以进行蛋白酶体降解,并使miRNA的3 '端暴露于核糖核酸酶以进行降解。据报道,一些 lncRNA 通过 TDMD 直接降解 miRNA。然而,lncRNAs是否能稳定TDMD中的miRNAs仍然难以捉摸。
ceRNA调控机制是lncRNA在细胞质中起转录后调控的重要方式之一。现有的研究发现,lncRNA可以作为miRNA的“sponge”,竞争性地结合miRNA,进而影响miRNA对下游靶基因的调控。 因此,这种调控机制的一个最核心的前提就是,lncRNA和某一个mRNA拥有共同的结合miRNA。有了这个基础后,用...
但是相对而言,同时检测lncRNA和mRNA是常见的,但是同时检测lncRNA和miRNA非常地少见。 2.lncRNA的siRNA靶点预测怎么选? 答:针对lncRNA的siRNA靶点预测,目前还没有特别有效的工具。只能靠运气和人品进行。相对省钱的方法是,先化学合成siRNA进行筛选,有效的siRNA再进行病毒包装。 3.做筛选需要选用多少对样本? 答:理论上...
(E)H7-let1b-SP2-TGFBR19相互作用及其与乳腺癌的参与。H7作为靶向TF基因SP1的let-7b的miRNA海绵。Let-1b抑制SP1的表达,SP2的过表达抑制乳腺癌细胞迁移和侵袭能力。SP<>调节TGFBR<>,其异常表达或突变与乳腺癌有关。CDS,编码DNA序列;RISC,RNA诱导的沉默复合物;TSS,转录起始位点;UTR,未翻译区域。
价格: 在线询价 地址:北京 周期:7个工作日 查看商家电话 服务描述 服务简介 通过自由能计算,推断LncRNA结合miRNA的能力,得到LncRNA-mRNA靶向关系。(LncRNA-miRNA靶向预测) 服务详情 服务方信息 已认证 中康博生物科技有限公司 生物信息学服务 价格:在线下单...