MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
-p: 这个是p值,指定p值后MACS2就不会用q值了。 -m: 和MFOLD有关,而MFOLD和MACS预构建模型有关,默认是5:50,MACS会先寻找100多个peak区构建模型,一般不用改,因为你很大概率上不会懂。 我们实战使用的代码: cd ~/mergeBam ##合并的bam文件运行macs2 ls *merge.bam |cut -d"." -f 1 |while read ...
MACS2 peak calling tutorial:https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/05_peak_calling_macs.html Blacklist regions:https://www.biostars.org/p/184537/ ENCODE paper about blacklist regions:https://www.nature.com/articles/s41598-019-45839-z 完。
6、 -nomodel -shift SHIFT -extsize EXTSIZE -q QVALUE -p PVALUE -to-large -ratio RATIO -down-sample -seed SEED -nolambda -slocal SMALLLOCAL -llocal LARGELOCAL -broad -broad-cutoff BROADCUTOFF -call-summits -t/-treatment FILENAME This is the only REQUIRED parameter for MACS.,Using MA...
MACS2是基于模型（泊松分布）的方法进行检峰的，意图中的模型是双峰模型，目的是为了将比对上的Reads朝3`端偏移（shift），以更准确地得到蛋白-DNA互作的位置。更详细原理可移步 https://www.jianshu.com/p/0c272643f88b 这时我们就遇到一个问题了，上面说的是单端测序的时候，可是我们现在大多数...
Minimum FDR (q-value) cutoff for peak detection. DEFAULT: 0.05. -q, and -p are mutually exclusive. -p PVALUE, --pvalue PVALUE Pvalue cutoff for peak detection. DEFAULT: not set. -q, and -p are mutually exclusive. If pvalue cutoff is set, qvalue will not be calculated and report...
下载网址: https://pypi.python.org/pypi/MACS2 (有下载网址和安装、使用示例)$ python setup.py install出现如下问题: MACS2/cProb.c -o error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation. error: command 'gcc' failed with exit status 1....
英特尔® 固态盘 760p 系列 2.04 ... 爱国者- 2019-3-27 14:40 分区版主:维修师傅,爱国者 ★★★『本本之星维修专区』 笔记本维修专区 笔记本电脑维修技术交流,硬件故障分析,通病探讨,电路解析,维修实例展示,维修心得.. 2/ 2 Apple系列产品 iPhone手机 ipad ... 爱国者...
bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak/filename.macs2.log 输入文件参数: -t:实验组,IP的数据文件 c: 对照组 f:指定输入文件的格式,默认是自动检测输入数据是什么格式,支持bam,sam,bed等 g:有效基因组大小,由于基因...
--broad--cutoff: 用于过滤broad得到的peak,默认是q值,如果设置-p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本的分析结果,可以有选择地使用下面的参数符合特定项目的需求。 比较基础的参数: -s/--tsize: 二代测序读长,MACS会用前面10个序列进行推测。