$ macs2 predictd -i cond1_ChIP.bam $ macs2 predictd -i cond2_ChIP.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第一步预测出来的数值,取多个样本的均值即可。官方也给出了推荐值,对于大多数的...
1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 predictd-i input.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第...
差异peak分析的软件很多,但是针对无生物学重复的单一样本来说,只能用MACS2的bdgdiff来实现。 1、预测插入片段长度(这一步还没理解) 这一步在call peak的时候会显示。即使没有记录,也可以通过predictd命令来查看 macs2 predictd -i Input_0h.rmdup.bam #SRR13579713 total tags in treatment: 23713766 predicted ...
1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 AI检测代码解析 macs2 predictd -i input.bam 1. 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize...
filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有去重和测序深度标准化,你需要预先做这些工作。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销...
predictd: Predict d or fragment size from alignment results. pileup: Pileup aligned reads with a given extension size (fragment size or d in MACS language). Note there will be no step for duplicate reads filtering or sequencing depth scaling, so you may need to do certain post- processing...
predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有去重和测序深度标准化,你需要预先做这些工作。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销...
filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有去重和测序深度标准化,你需要预先做这些工作。 本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报。打开...
4、ls,model.r,model.pdf,INPUT DATA: aligned sequence reads,OUTPUT FILEs,treat_pileup.bdg,control_lambda.bdg,refinepeaks,refinepeak.bed,randsample,filterdup,predictd,pileup,pileup.bdg,bdgpeakcall,OUTPUT,callpeak - Options,Various options to indicate/control input, output, peak modelling and peak...
filterdup:过滤重复,结果是BED文件 predictd:从比对文件中估计文库大小或d randsample: 随机抽样 pileup:以给延伸大小去堆积(pileup)比对得到的reads。这一步不会有去重和测序深度标准化,你需要预先做这些工作。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销...