用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 wodaklab.org/nextgen/da MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录...
refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,...
后缀为narrowpeak的文件是一个BED格式的文件,内容示意如下 前四列代表peak区间和名称,注意bed格式中起始位置从0开始计数,第五列的值为int(-10*log10qvalue),第六列全部为.,第七列为fold_enrichment,第八列为-log10(pvalue),第九...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。
其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的...
1 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。 如下图所示,比对结果的文件中reads在正负链不均匀分布,但在结合位点聚集。正负链5'末端的reads各形成一组合,通过统计学的方法评估这些组合的分布并和对照组比较,确定这些结合位点是否是显著的。 NOTE:ChIP-seq的分析方法...
callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd pileup randsample refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 下面主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 macs2 callpeak \-t ip.bam\-cinput.bam\--outdirout_dir \-n chip \-g hs ...
使用MACS2进行差异peak分析 MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异...
对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 github.com/taoliu/MACS/ 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 $ macs2 predictd -i cond1_ChIP.bam $ macs2 predictd -i cond2_ChIP.bam 2. peak calling 在peak call...
在这其中,MACS2 是一种广泛应用的 Peak Calling 算法,以其高效的计算能力和准确的结果受到研究者们的青睐。 【MACS2 的优缺点】 MACS2 的优点主要体现在以下几个方面: 1.高效性:MACS2 采用了一种并行计算的方式,大大提高了计算效率,使得在较短的时间内完成大量的数据分析成为可能。 2.准确性:MACS2 采用了...