$macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 组蛋白修饰类宽峰ChIP-seq的peak calling: $macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 # 双端测序的ATAC-seq的peak calling: $macs2 callpeak -f BAMPE -t ATAC.b...
broad domains,如组蛋白修饰在整个基因body区域的分布;narrow peak,如转录因子的结合。narrow peak相对于broad 或者分散的marks更易被检测到。也有一些混合的结合图谱,如PolII包括narrow和broad信号。 2 MACS2 peaks calling 有不同的方法,MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq...
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组 -C/–CONTROL:control 或 mock(非特异性抗体,如IgG)组 control:...
1.# 常规的peak calling 2.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 3.# 较宽的peak calling 4.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 ...
peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalue q value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broad peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff 和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ ...
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--control FILENAME表示处理样本和对照样本输入。其中 -t必须,很好理解,没有处理组你还找啥Peak。 -f/--format FORMAT用...
MACS2peakcalling 实战 MACS 是一款最为流行的 peak calling 软件,最初是针对转录因 子的 chip 数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适 配。目前最新版本为 v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0 版本中提供了以下多个子命令 1. callpeak 2. bdgpeakcall 3. bdgbroadcall 4...
.gz.sorted_deduplicate_bam'#对照组样本名nohup macs2 callpeak\-t${treat}\#输入的对照组-c${condtrol}\#输入的对照组-f BAM\#输入文件格式-g mm\#实际比对的基因组大小 这里是mm10-n ~/chip-seq/4macs/${id%.sorted*}\#输出结果前缀-B --broad --broad-cutoff 0.01 broad peaks,这里用是组...
v1/README.rst MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak predictd OUTPUTFILEs peaks.xlspeaks.narrowPeak summits.bedmodel.rmodel.pdf treat_pileup.bdgcontrol_lambda.bdg pileup refinepeaks bdgpeakcallbdgbroadcall ...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -...