ATAC-seq关心的是在哪切断,断点才是peak的中心,所以使用shift模型,--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下: macs2 callpeak -t H1hesc.final.bam -n sample --shift -100 --extsize 200 --nomodel -B --SPMR -g hs --outdir Macs2_out 2> sample.macs2.log MACS...
MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下: 代码语言:javascript 复制 macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs--outdir Macs2_out2>sample.macs2.log MACS2输出文件解读 NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的...
-s ${id}_summits.bed ]; then echo $id macs2 callpeak -c Control.merge.bam -t $id.merge.bam -f BAM -B -g mm -n $id --outdir ../peaks 2> $id.log & fi done ##把两边文件分开避免干扰 mkdir dup mv *rmdup* dup/ cd dup/ ##合并并去除PCR重复的.rmdup...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
这是MACS2的主要功能,因为MACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可无,唯独 callpeak不可取代。最简单的用法就是 # 常规的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 较宽的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broa...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall ...
对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 https://github.com/taoliu/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 代码语言:javascript ...
macs2 callpeak error#274 xndlessopened this issueJan 4, 2019· 1 comment xndlesscommentedJan 4, 2019 Sorry, python modulenumpyneed to be reasonable installed ! Sign up for freeto join this conversation on GitHub. Already have an account?Sign in to comment...
callpeak加了-B参数会有两个文件,以导入UCSC或者转换为bigwig格式。两种bfg文件:treat_pileup, and control_lambda.我感觉啊!!是为了转bw用来可视化的 4、NAME_summits.bed BED格式的文件,包含peak的summits位置,第5列是-log10pvalue。如果想找motif,推荐使用此文件。