MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。
# 如何进行MACS2 peak calling的实战## 1. 什么是MACS2及其应用场景MACS2(Model-based Analysis of ChIP-Seq 2)是用于识别染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)数据中富集区域(peak calling)的主流工具。它通过统计建模解决以下关键问题:-**噪声过滤**:区分真实信号与背景噪声-**峰识别**:准确定位转录因子结合位点或组...
macs2 predictd -i input.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第一步预测出来的数值,取多个样本的均值即可。官方也给出了推荐值,对于大多数的转录因子chip_seq数据,推荐值为200, 对于大部分组蛋...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd p...
主要用的是macs2包的子命令callpeak 参数说明: (1) -t : t是treatment组的意思,意为实验组,如果有多个样本,可以写为 -t A B C。(2) ...
MACS2 是一款常用的peak calling软件,可以鉴定ChIP-seq/Cut&Tag数据的peaks,本文简单介绍MACS2 的安装及peak calling的用法。 安装 MACS2 可以通过conda、pip的方法进行安装,也可以下载其源文件进行安装。以下展示conda的安装方法 #--prefix指定安装到`ChIPseq`环境中 ...
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...