没有生物学重复的ChIP-seq数据用MACS2中的bdgdiff进行差异peaks分析。 macs2 bdgdiff --t1 cbx7_treat_pileup.bdg --c1 cbx7_control_lambda.bdg --t2 RYBP_treat_pileup.bdg --c2 RYBP_control_lambda.bdg --outdir cbx7_2_RYBP -o OFILE_uniq_cbx7 OFILE_uniq_RYBP OFILE_cbx7_RYBP_common cbx7...
# 使用 macs2 bdgcmp 得到 FE 转化后的文件 # -m FE 计算富集倍数降低数据噪音 macs2 bdgcmp -t NAME_treat_pileup.bdg -c NAME_control_lambda.bdg --outdir ../test -o NAME_FE.bdg -m FE # 使用 macs2 bdgcmp 得到 logLR 转化后的文件 # -p 为避免log的时候input值为0时出现error,赋值...
pileup: Pileup aligned reads with a given extension size (fragment size or d in MACS language). Note there will be no step for duplicate reads filtering or sequencing depth scaling, so you may need to do certain post- processing. randsample: Randomly sample number/percentage of total reads....
$ macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg\ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...
_treat_pileup.bdg文件是MACS2生成的覆盖度文件,每一行代表一个基因组区域(通常为固定的窗口大小,如1bp)。在这个文件中,每个位置(或窗口)的值代表了这个位置的reads覆盖度(或标准化后的覆盖度,如果使用了--SPMR选项)。 因此,_peaks.narrowPeak文件和_treat_pileup.bdg文件提供了不同的信息: ...
macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36me1_EE_rep1_control_lambda.bdg -o H3K36me1_EE_rep1_logLR.bdg -m logLR -p 0.00001 # 参数解释 -m FE 计算富集倍数降低噪音 -p 为了避免log的时候input值为0时发生error,给予一个很小的值 预处理文件与对应参考基因组染色体长...
1.macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36me1_EE_rep1_control_lambda.bdg -o H3K36me1_EE_rep1_FE.bdg -m FE 2. 3.macs2 bdgcmp -t H3K36me1_EE_rep1_treat_pileup.bdg -c H3K36me1_EE_rep1_control_lambda.bdg -o H3K36me1_EE_rep1_logLR.bdg -m lo...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 1. 2. 其中-d1和-d2的值就是第...
.bdgbedGraph格式,可以导入UCSC或者转换为bigwig格式。两种bfg文件:treat_pileup, and control_lambda. NAME_peaks.broadPeakBED6+3格式与narrowPeak类似,只是没有第10列。 summits.bed, narrowPeak, bdg, xls四种输出文件的比较 xls文件 文件包含信息还是比较多的,和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才...
在网上查到一个资料,说需要的Cython版本应该>=0.14.1(https://github.com/taoliu/MACS/issues/3)。 2)安装Cython 在网上下载Cython0.16,运行命令行: $ sudo apy-get install python-dev $ cd Cython-0.16/ $ sudo python setup.py install 3) 安装 MACS2 ...