# 使用 macs2 bdgcmp 得到 FE 转化后的文件 # -m FE 计算富集倍数降低数据噪音 macs2 bdgcmp -t NAME_treat_pileup.bdg -c NAME_control_lambda.bdg --outdir ../test -o NAME_FE.bdg -m FE # 使用 macs2 bdgcmp 得到 logLR 转化后的文件 # -p 为避免log的时候input值为0时出现error,赋值...
--outdir:输出结果的存储路径-n:输出文件名的前缀 -B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalueq value默认值是0.05,与pvalue不能同时...
oNAME_treat_pileup.bdg: 处理后数据 oNAME_control_lambda.bdg: 对照的局部lambda值 oNAME_treat_pvalue.bdg: 泊松检验的P值 oNAME_treat_qvalue.bdg:Benjamini–Hochberg–Yekutieli处理后的Q值 -q: q值(最小的FDR)的阈值,默认0.05。可以根据结果进行修正。q值是p值经Benjamini–Hochberg–Yekutieli修正后的值...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 1. 2. 其中-d1和-d2的值就是第...
pileup randsample refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs ...
-B/--bdg:是否输出bedgraph格式的文件。以bedGraph格式存放fragment pileup, control lambda, -log10pvalue和log10qvalue。 -q/--qvalue,-p/--pvalue:qvalue默认值是0.05,与pvalue不能同时使用,指定p值后MACS2就不会用q值了。 --broad:peak有narrow peak和broad peak,设置该参数可以call broad peak。当处...
abs_summit:代表峰值; pileup:代表peak 峰值的高度(pileup height at peak summit);-log10(pvalue) :pvalue of the peak summit;fold_enrichment:peak的富集倍数;-log10(qvalue):衡量错误发现率的指标(FDR,False discovery rate,所有检验中假阳性的概率); NAME_peaks.narrowPeak:Bed6 format(bed格式中的前六...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...
macs2 bdgdiff --t1 cond1_treat_pileup.bdg --c1 cond1_control_lambda.bdg --t2 cond2_treat_pileup.bdg \ --c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的...