NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distributi...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue 和 -p/--pvalueq value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broadpeak有narrow peak和broad peak,...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalueq value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broadpeak有narrow peak和broad peak, 设...
安装成功后就可以直接使用MACS2进行peak calling了 #MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize$macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --out...
包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local...
callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd pileup randsample refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 macs2 callpeak \ -t ip.bam \
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...
注意:使用 MACS2 call peak 时,有人可能会报错 “IndexError: list index out of range”,检查一下是不是因为你没有sort sam。 MACS2 得到的结果(taoliu/MACS/Manual 有具体讲解): MACS2 结果 # NAME 是使用 -n 设置的输出文件前缀 1. NAME_control_lambda.bdg 和 NAME_treat_pileup.bdg # bdg即为...
v1/README.rst •PackageofcommandlineprogramstocallpeaksinChIPseqdata •Muchimprovedsincev1.x!!!MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak predictd OUTPUTFILEs peaks.xlspeaks.narrowPeak summits.bedmodel.rmodel.pdf ...
v1/README.rst MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak predictd OUTPUTFILEs peaks.xlspeaks.narrowPeak summits.bedmodel.rmodel.pdf treat_pileup.bdgcontrol_lambda.bdg pileup refinepeaks bdgpeakcallbdgbroadcall ...