NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distributi...
# MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak...
#2. 用bioconda安装$conda install -c bioconda macs2 安装成功后就可以直接使用MACS2进行peak calling了 #MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize$macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue...
本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs -t 参数指定抗体处理的样本,-c 指定 input 样本,值得一提的是, macs 支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的 bam 格式外, 还支持 SAM/BED 格式。 --outdir 指定输出结果的目录,-n 参数指定输出文件...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall ...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...