# MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak...
作为表观基因组的工具，MACS2是call peaks强而有力的工具，那么MACS call peak的基本统计学原理是上面呢？大至可以分为3步：1.设置滑动窗口；2.统计peaks在基因组上随机分布的情况；3.统计学检验 包含peak信息：narrowPeak文件：由MACS2的输出文件来看，处理peaks的基本信息以外，如何计算peak的富集倍数...
macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120# condition2 macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行...
MACS2 callpeak 根据有无 control 数据采用了不同的计算方法,但都是依据泊松分布。 具体原理可以查看原文献:ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ar ,或者别人的解读:blog.csdn.net/BoringFan。 计算公式:λ_{local} = max(λ_{B}G, [λ_{1}k,] λ_{5}k, λ_{10}k) MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak ...
Call Peak其实是一种计算方法,用于识别基因组中由测序得到的比对reads富集的区域。 其实通俗的来说Call peak就是把我们有蛋白富集到核酸时的区域给找出来。 对于ChIPseq/Cut&Tag来说我们这个区域就是我们的转录因子所可以和DNA互作的区域; 对于ATAC-seq来说这个就是特定条件下的开放染色质的区域; ...
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n prefix -q 0.00001 实例: 参数解读:或参考 -g 基因组的选择-B 输出bgd文件,下游bigwig文件生成所需-f 双端测序使用BAMPE,单端的话不需要加参数,默认是auto识别,但是识别不了BAMPE-q 使用阈值,根据需要选择 ...
原理 MACS2的主要功能是 Peak Calling,就是reads富集的正确位置。 其中难理解的就是双峰模型,如下图。在单端测序的时候,如果测序较短,这个时候就会形成双峰,而这双峰并不是真正的蛋白富集的位置。MACS2是基于模型(泊松分布)的方法进行检峰的,意图中的模型是双峰模型,目的是为了将比对上的Reads朝3`端偏移(shift)...
# MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak...
macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak; macs2 callpeak 使用: # regular peak calling: macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broa...