myChIP<-"Sorted_Myc_MEL_1.bam"myControl<-"Sorted_Input_MEL.bam"with_CondaEnv("ChIPseq_analysis",system2(command="macs2",args=c("callpeak","-t",myChIP,"-n","Mel_Rep1","–-outdir","PeakDirectory","-c",myControl)),
macs2 callpeak -t ${path}/intersect/${id_BRD4}_sort.bam \ --control ${path}/intersect/control_sort.bam \ -g hs --outdir ${path}/macs2 \ -n ${id_BRD4}_intersect -q 0.01 done > ${path}/macs2_output.log 2>&1 & # macs2 callpeak参数: # -t 输入文件 # --control 对照组...
目前,MACS2 是 ENCODE ATAC-seq 流程的默认call peak器。与 ChIP-seq 分析工作流程相比,有几个参数需要更改,我们将在本课程的末尾详细描述它们。 具体来说,我们需要考虑的差异包括: 缺乏Input样本(阴性对照)、缺乏双峰 read 分布(即不需要移动 reads)。 注意:还有其他 ChIP-seq 工具具有适应 ATAC-seq 数据的功...
Compute False Discovery Rate (FDR):当有对照样品时,MACS2可以使用用于ChIP-seq样本的参数来识别对照样品中的峰, 来估算每个峰的经验FDR。 因为对照样品不应表现出富集的reads,所以MACS2发现的任何此类峰均可以视为假阳性。对于给定的P值阈值,FDR = 通过阈值的Control峰数除以通过相同阈值的ChIP-seq峰数。 接下来...
我这里直接使用 MACS2 callpeak 后的两次重复。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 Nanog-rep1_peaks.narrowPeak Nanog-rep2_peaks.narrowPeak 第二步:排序 要运行 IDR,建议以不太严格的方式运行 MACS2。IDR算法需要对信号和噪声分布进行采样,以将峰值分成两组,因此使用更宽松的阈值可以让我们...
macs2 callpeak -t sorted.bam-c input_control.bam-f BAM -g hs -n NFkB--outdirpeaks AI代码助手复制代码 输出文件包括: -NFkB_peaks.narrowPeak(峰值坐标) -NFkB_summits.bed(每个峰的最高点) 3. 下游分析 3.1 峰值注释 使用HOMER注释peaks的基因组位置(如启动子、外显子等): ...
用PeakRanger软件来对CHIP-seq数据call peaks 此文专门讲这个软件如何用,但是跟我以前写的软件说明书又不大一样,主要是因为我用MACS2这个软件call peaks并没有达到预期的结果,所以就多使用了几个软件,其中PeakRanger尤其值得一提,安装特别简单,而且处理数据的速度特别快,结果也非常容易理解,更重要的是它给出一个网页...
MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ChIPseeker ChIP-Seq仅仅是第一个表观遗传学领域比较成熟的技术而已,目前还有很多其他的技术,比如说 DNA修饰: DNA甲基化免疫共沉淀技术(MeDIP), 目标区域甲基化,全基因组甲基化(WGB...
macs2包含一系列的子命令,其中最主要的就是callpeak, 官方提供了使用实例 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -ntest-B -q 0.01 一般而言,我们照葫芦画瓢,按照这个实例替换对应部分就行了,介绍一下各个参数的意义 -t: 实验组的输出结果 ...