如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad...
MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
宽峰调用示例:macs2 callpeak-tChIP.bam-cControl.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 ### macs2 callpeak -t 116si_p.ip_siWTAP.bam \ -c 116si_p.input_siWTAP.bam \ -g hs -q 0.05 -f BAM #有control数据 fori in *.bamdomacs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t$i-n$i-g...
计算FDR:当有对照组存在时候,就可以得到两个P,FDR=P(对照组)/P(实验组) 实操 其实MACS2已经更新到了MACS3了,简单介绍下使用方法: 寻找ChIP-seq的转录因子(TF)的命令: macs3 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 ...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 这是MACS2的主要功能,因为MACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可无,唯独 callpeak不可取代。最简单的用法就是 # 常规的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c ...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} 常规峰值调用的示例:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 宽峰调用示例:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutof...