ATAC-seq关心的是在哪切断,断点才是peak的中心,所以使用shift模型,--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs--outdir Mac...
macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参数指定基因组的...
preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak/filename.macs2.log 输入文件参数: -t:实验组,IP的数据文件 c: 对照组 f:指定输入文件的格式,默认是自动检测输入数据是什么格式,支持bam,sam,bed等 g:有效基因组大小,由于基因组序列的重复性,基因组实际可以mapping的大小小于原始的基因组。这个参数...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs 1. 2. 3. 4. 5. 6. -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 ...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs -t 参数指定抗体处理的样本,-c 指定 input 样本,值得一提的是, macs 支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的 bam 格式外, 还支持 SAM/BED 格式。 --outdir 指定输出结果的目录,-n 参数指定输出文件...
macs2 callpeak \-t ip.bam\-cinput.bam\--outdirout_dir \-n chip \-g hs AI代码助手复制代码 -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参...
macs2 callpeak -t H1hesc.final.bam -n sample --shift -100 --extsize 200 --nomodel -B --SPMR -g hs --outdir Macs2_out 2> sample.macs2.log MACS2输出文件解读 NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点...
1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 ...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -...