MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd p...
Snakemake workflow used to call peaks with Macs2 snakemakesambambahomerbowtie2macs2snakemake-workflowsnakemake-wrappers UpdatedMar 7, 2025 Python CCBR pipeline for preliminary QC, peak calling, differential chromatin accessibility analysis with ATACseq datasets 🌲 ...
CallPeaks cannot work as it is. This because paths play a dual role in R and in macs2. I have kept the call to CallPeaks using Windows paths and hardcoded thesystemcall CallPeaks with linux paths as follows:system('bash -c "/home/.../anaconda3/bin/macs2 callpeak -t /mnt/g/...
官网链接 https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events参考 https://cloud.tencent.com/developer/article/1624562MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差…
对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 https://github.com/taoliu/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 代码语言:javascript ...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 ...
MACS2peakcalling 实战 MACS 是一款最为流行的 peak calling 软件,最初是针对转录因 子的 chip 数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适 配。目前最新版本为 v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0 版本中提供了以下多个子命令 1. callpeak 2. bdgpeakcall 3. bdgbroadcall 4...
~$ (macs2 callpeak --verbose 9 --name "MACS2" -t "/home/ogaard/gits/galaxy2/database/files/000/dataset_140.dat" -c "/home/ogaard/gits/galaxy2/database/files/000/dataset_116.dat" --format='BED' --gsize "11000000" --bw='400' --ratio 1.0 --slocal 1000 --llocal 10000 ...
运行MACS2:使用MACS2的callpeak命令来处理这些BAM文件。例如: bash macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q 0.01 其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定q...
macs2 [-h] [--version] {callpeak,filterdup,bdgpeakcall,bdgcmp,randsample,bdgdiff,bdgbroadcall} Example for regular peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -...