MACS2 已安装到 ChIPseq_analysis 中。所以我们可以使用 with_CondaEnv() 从 R 中使用这个环境。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 myChIP<-"Sorted_Myc_MEL_1.bam"myControl<-"Sorted_Input_MEL.bam"with_CondaEnv("ChIPseq_analysis",system2(command="macs2",args=c("callpeak","-...
Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。利用MACS2工具进行ATAC-seq peaks calling。 (1)利用MACS2构建ATAC-seq macs2 callpeak -t ATAC-seq_Rep1_SRR7696734.bam -f BAM -g 1.2e7 -n ATAC_Rep1 -B -q 0.05 --shift -75 --extsize 150 --nomodel --SPMR -...
MACS2 已安装到 ChIPseq_analysis 中。所以我们可以使用 with_CondaEnv() 从 R 中使用这个环境。 myChIP<-"Sorted_Myc_MEL_1.bam"myControl<-"Sorted_Input_MEL.bam"with_CondaEnv("ChIPseq_analysis",system2(command="macs2",args=c("callpeak","-t",myChIP,"-n","Mel_Rep1","–-outdir","Pe...
macs2 callpeak -t Sorted_Myc_MEL_1.bam –name Mel_Rep1 –-outdir PeakDirectory -c Sorted_Input_MEL.bam 3.2. 在 R 中运行 MACS2 Herper 允许我们从 R 中运行 conda 包。MACS2 已安装到 ChIPseq_analysis 中。所以我们可以使用 with_CondaEnv() 从 R 中使用这个环境。 myChIP <- "Sorted_Myc...
在上一节中,我们回顾了如何使用 MACS2 等峰值调用程序识别假定的转录因子结合位点。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(GenomicRanges)macsPeaks<-"data/peaks/Mel_1_peaks.xls"macsPeaks_DF<-read.delim(macsPeaks,comment.char="#")macsPeaks_GR<-GRanges(seqnames=macsPeaks_DF[,"...
用PeakRanger软件来对CHIP-seq数据call peaks 此文专门讲这个软件如何用,但是跟我以前写的软件说明书又不大一样,主要是因为我用MACS2这个软件call peaks并没有达到预期的结果,所以就多使用了几个软件,其中PeakRanger尤其值得一提,安装特别简单,而且处理数据的速度特别快,结果也非常容易理解,更重要的是它给出一个网页...
2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ChIPseeker ChIP-Seq仅仅是第一个表观遗传学领域比较成熟的技术而已,目前还有很多其他的技术,比如说 DNA修饰: DNA甲基化免疫共沉淀技术(MeDIP), 目标区域甲基化,全基因组甲基化(WGBS),氧...
--c1, --t2, --c2是运行MACS2 callpeak时候的中间结果。--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。然后运行结束会有三个文件：其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。
使用macs2进行找peaks macs2包含一系列的子命令,其中最主要的就是callpeak, 官方提供了使用实例 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -ntest-B -q 0.01 一般而言,我们照葫芦画瓢,按照这个实例替换对应部分就行了,介绍一下各个参数的意义 ...
macs2callpeak-trmMCF7_CTCF_N1.bamrmMCF7_CTCF_N2.bam-crmMCF7_IN_N.bam-ghs-nCTCF 5、Peak Annotation library(ChIPseeker) #读入数据 CTCF<-readPeakFile('CTCF_peaks.narrowPeak',head=F) CTCF<-CTCF[,c(1,6)] H3K27<-readPeakFile('H3K27_peaks.narrowPeak',head=F) ...