--keep-dup: 保留重复。默认MACS(auto)会使用二项分布估计每个位置上是否存在重复(默认是1,也就是每个位置上出现一个read的概率最大)。如果你前期已经去重,那就使用all省了这一步. callpeak结果文件说明 callpeak会得到如下文件: NAME_peaks.xls: 以表格形式存放peak信息,虽然后缀是xls,但其实能用文本编辑器打开...
--keep-dup: 保留重复。默认MACS(auto)会使用二项分布估计每个位置上是否存在重复(默认是1,也就是每个位置上出现一个read的概率最大)。如果你前期已经去重,那就使用all省了这一步. callpeak结果文件说明 callpeak会得到如下文件: NAME_peaks.xls: 以表格形式存放peak信息,虽然后缀是xls,但其实能用文本编辑器打开...
--keep-dup: 保留重复。默认MACS(auto)会使用二项分布估计每个位置上是否存在重复(默认是1,也就是每个位置上出现一个read的概率最大)。如果你前期已经去重,那就使用 all省了这一步. callpeak结果文件说明 callpeak会得到如下文件: NAME_peaks.xls: 以表格形式存放peak信息,虽然后缀是xls,但其实能用文本编辑器打...
macs2 callpeak usage: macs2 callpeak [h] t TFILE [TFILE ...] [c [CFILE [CFILE ...]]] [f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE, BAMPE}] [g GSIZE] [keepdup KEEPDUPLICATES]
macs2 callpeak usage: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]] [-f {AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE, BAMPE}] [-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir OUTDIR] [-n NAME] ...
--keep-dup: 保留重复。默认MACS(auto)会使用二项分布估计每个位置上是否存在重复(默认是1,也就是每个位置上出现一个read的概率最大)。如果你前期已经去重,那就使用all省了这一步. callpeak结果文件说明 callpeak会得到如下文件: NAME_peaks.xls: 以表格形式存放peak信息,虽然后缀是xls,但其实能用文本编辑器打开...
diffpeakbdgdiffbdgcmpbdgbroadcallMACS2–program(s)“treat”Input/IgG“control”:-OptionsVariousoptionstoindicate/controlinput,output,peakmodellingandpeakcallingmacs2callpeakusage:macs2callpeak[-h]-tTFILE[TFILE...][-c[CFILE[CFILE...]]] [-f{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE...
filterdup,predictd,pileup,pileup.bdg,bdgpeakcall,OUTPUT,callpeak-Options,Various options to indicate/control,input,output,peak modelling,and,peak calling,macs2 callpeak,usage:macs2 callpeak-h,-t TFILE TFILE.-c CFILE CFILE.,-f AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE,-...
v1/README.rst •PackageofcommandlineprogramstocallpeaksinChIPseqdata •Muchimprovedsincev1.x!!!MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak predictd OUTPUTFILEs peaks.xlspeaks.narrowPeak summits.bedmodel.rmodel.pdf ...
5、 macs2 callpeak usage: macs2 callpeak -h -t TFILE TFILE . -c CFILE CFILE . -f AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE, BAMPE -g GSIZE -keep-dup KEEPDUPLICATES -buffer-size BUFFER_SIZE -outdir OUTDIR -n NAME -B -verbose VERBOSE -trackline -SPMR -s TSIZE -...