MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd p...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https:///taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predic...
目前最新版本为 v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0 版本中提供了以下多个子命令 1. callpeak 2. bdgpeakcall 3. bdgbroadcall 4. bdgcmp 5. bdgopt 6. cmbreps 7. bdgdiff 8. filterdup 9. predictd 10. pileup 11. randsample 12. refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 wodaklab.org/nextgen/da MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 ...
macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # tags after filteringintreatment:19291269# tags after filteringincontrol:12914669 ...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall ...
macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak; macs2 callpeak 使用: # regular peak calling: macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broa...