macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs--outdir Macs2_out2>sample.macs2.log MACS2输出文件解读 NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 wodaklab.org/nextgen/da MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录...
本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中...
1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 ...
用MACS2callpeak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
narrow peak相对于broad 或者分散的marks更易被检测到。也有一些混合的结合图谱,如PolII包括narrow和broad信号。 2 MACS2 peaks calling 有不同的方法,MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq,最初的设计是用来鉴定转录因子的结合位点,但是它也可以用于其他类型的富集方式测序。
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 ...
MACS2的用法，call peaks的参数及输出文件的解读可以参考 MACS2文档学习 。输入文件参数：输出文件参数：peak calling 参数 Shift 模型参数：ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下：HBC的深度NGS数据...
refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 下面主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 macs2 callpeak \-t ip.bam\-cinput.bam\--outdirout_dir \-n chip \-g hs AI代码助手复制代码 -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码...