macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参数指定基因组的...
# MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak...
1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 ...
macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组-C/–CONTROL:...
https://github.com/taoliu/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 macs2 predictd -i input.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak call...
我们必须告诉 MACS2 数据是使用格式参数配对的。这很重要,因为默认情况下 MACS2 会猜测它是单端 BAM。 MACS2 callpeak -t pairedEnd.bam -f BAMPE --outdir path/to/output/ --name pairedEndPeakName -g MyGenome R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("call...
python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 There are seven major functions available in MACS serving as sub-commands. 详细参数说明: https://pypi.python.org/pypi/MACS2 (有下载网址和安装、使用示例) ...
--broad:使用该参数后,MACS进行宽峰的callpeak。 --broad-cutoff:宽峰的统计值cutoff。默认使用q值过滤不显著的峰,如果加了-p就用p值过滤。 示例用法 # 常规转录因子ChIP-seq的peak calling: $macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 ...
macs2 callpeak -t $shuf_atacshift -n ${atacname} --outdir $peakdir --call-summits --SPMR -B -f BAM -g hs --nomodel --shift -100 --extsize 200 --keep-dup all 下面介绍主要参数的含义 --nomodel --shift -100 --extsize 200 #我们不需要shift的model,因为这是ATAC,我们关注的是Tn...