peak起始位点 peak结束位点 peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local lambda) Coordinates in XLS is 1-based which is different with BED formatXLS里的...
※峰识别(peak calling)工具包括:MACS2和HOMER(适用于ChIP-seq和ATAC-seq)、HMMRATAC(针对于ATAC-seq)、exomePeak(针对m6A-seq)。 ※差异峰分析(peak differential analysis)工具包括:HOMER、DiffBind,它们是consensus peak-based工具,假设数据分布是负二项分布。consensus peak是指:不同生物学样本重复得到的peaks进行...
参考:https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 差异peak分析的软件很多,但是针对无生物学重复的单一样本来说,只能用MACS2的bdgdiff来实现。 1、预测插入片段长度(这一步还没理解) 这一步在call peak的时候会显示。即使没有记录,也可以通过predictd命令来查看 macs2 predictd ...
对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 github.com/taoliu/MACS/ 可以分为以下3步 1. 预测插入片段长度 通过predictd子命令可以预测样本的fragment size,命令如下 $ macs2 predictd -i cond1_ChIP.bam $ macs2 predictd -i cond2_ChIP.bam 2. peak calling 在peak call...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs 1. 2. 3. 4. 5. 6. -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 wodaklab.org/nextgen/da MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录...
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs -t 参数指定抗体处理的样本,-c 指定 input 样本,值得一提的是, macs 支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的 bam 格式外, 还支持 SAM/BED 格式。 --outdir 指定输出结果的目录,-n 参数指定输出文件...