※峰识别(peak calling)工具包括:MACS2和HOMER(适用于ChIP-seq和ATAC-seq)、HMMRATAC(针对于ATAC-seq)、exomePeak(针对m6A-seq)。 ※差异峰分析(peak differential analysis)工具包括:HOMER、DiffBind,它们是consensus peak-based工具,假设数据分布是负二项分布。consensus peak是指:不同生物学样本重复得到的peaks进行...
第五列代表score,在macs2的输出结果中为int(-10*log10qvalue),第六列代表strand, 在macs2的输出结果中为.,第七列代表signalvalue, 通常使用fold_enrichment的值,第八列代表pvalue, 在macs2的输出结果中为-log10(pvalue),第九列代表qvalue, 在macs2的输出结果中为-log10(qvalue),第十列代表peak, 在macs...
MACS2使用 \lambda_{local} 计算peak 的 p 值,没有 control 则没有 \lambda_{1k}。 输入的数据为 2.3.3 samtools sort 后的文件。 #有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control...
bdgcmp使用*_treat_pileup.bdg和*_control_lambda.bdg计算得分轨(score track) bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control...
二、描述如何在CHIP Atlas数据中使用MACS2来得到binding score 准备数据:从CHIP Atlas或其他资源中获取CHIP-seq的BAM文件,这些文件包含了测序reads的位置信息。 运行MACS2:使用MACS2的callpeak命令来处理这些BAM文件。例如: bash macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q ...
bdgcmp使用*_treat_pileup.bdg和*_control_lambda.bdg计算得分轨(score track) bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control...
bdg计算得分轨(score track) bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg 或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control2, treament2 vs control1的得分。 filterdup:过滤...
~$ (macs2 callpeak --verbose 9 --name "MACS2" -t "/home/ogaard/gits/galaxy2/database/files/000/dataset_140.dat" -c "/home/ogaard/gits/galaxy2/database/files/000/dataset_116.dat" --format='BED' --gsize "11000000" --bw='400' --ratio 1.0 --slocal 1000 --llocal 10000 ...
bdgcmp使用*_treat_pileup.bdg和*_control_lambda.bdg计算得分轨(score track) bdgpeakcall使用*_treat_pvalue.bdg或bdgcmp得到的结果或begGraph文件进行peak calling.bdgbroadcall差不多也是这样子。 bdgdiff能用来分析4个bedgraph文件,得到treatment1 vs control1, treatment2 vs control2, treatment1 vs control...
这是MACS2的主要功能,因为MACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可无,唯独 callpeak不可取代。最简单的用法就是 # 常规的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 较宽的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broa...