接下来就是对 Peak 进行可视化,常用的有两种工具: R包 ChIPseeker ,可以参考包开发者 Y叔的文章:CS3: peak注释。 deepTools,参考 deepTools manual。 可视化可以做很多事,如: 绘制韦恩图,描述不同蛋白与结合基因的关系; 绘制不同蛋白在染色体结合位点与TSS的距离; 结合位置的热图; 不同染色体结合同一蛋白质的位点...
macs2 predictd-i input.bam 2. peak calling 在peak calling时,需要添加-B参数,这样才可以输出样本对应的bedgraph文件,同时需要保证peak calling时采用一致的--extsize的值,就是第一步预测出来的数值,取多个样本的均值即可。官方也给出了推荐值,对于大多数的转录因子chip_seq数据,推荐值为200, 对于大部分组蛋白...
#开头的是注释信息,显示了软件调用的具体命令和参数设置,便 于核查;其他的行记录了 peak 的区间信息,这里的起始位置采用的是 从 1 开始计数的方式。 后缀为 narrowpeak 的文件是一个 BED 格式的文件,内容示意如 下 前四列代表 peak 区间和名称,注意 bed 格式中起始位置从 0 开 始计数,第五列的值为 int(...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs 其中,参数说明如下: ...
BED格式,包含peak summits(peak最高点)位置;如果想寻找结合位点的motifs ,建议使用此文件。 5th: -log10pvalue the same as NAME_peaks.bed 4.NAME_peaks.broadPeakED6+3格式,与narrowPeak类似,除了没有第10列peak summit的注释信息。 5.NAME_peaks.gappedPeakBED12+3格式,存放broad region 和 narrow peaks,...
用MACS2 call peak 其实目前可用的peak calling工具很多,如下表所示 更多信息也可以参考 http://wodaklab.org/nextgen/data/peakfinders.html MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 ...
基因组大小与注释:使用正确的基因组大小和注释文件可以提高peak calling的准确性。 peak calling参数:MACS2的多个参数(如--extsize、--nomodel等)都会影响peak calling的结果和binding score的准确性。 四、提供关于如何解读和使用MACS2 binding score的建议 比较不同条件的binding score:可以比较不同处理条件下相同位...
macs2 callpeak -t TF.bam -c Control.bam (--nomodel --extsize 200 --shift 0) -g dm -n TF -B -q 0.01 --outdir macs2/ 2>>log/macs2_log.txt & (2) bed格式 BED(Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息。BED文件每行至少包括chrom,chromStart,chromEnd三列...
NAME_peaks.narrowPeak # BED 6+4 格式 NAME_peaks.xls # 包含 peak 信息的 xls 文件,注意 chrStart 是1-based NAME_peaks_summits.bed BED 格式,包含peak的summits位置,第5列是-log10pvalue。 -如果想找motif,推荐使用此文件。 大神的教程https://zhuanlan.zhihu.com/p/90180058,学习ing...