如果使用参数 "BAMPE" ，将跳过建立双峰模型，根据实际的插入大小来构建峰。同时参数 --nomodel，--extsize 失效。上面是官方文档里的描述，认为nucleosome-seq数据应做此处理，我觉得这也是针对单端测序数据的，如果正负链reads分别延伸到73bp，则两峰之间距离约为73bp，也就是d=73，所以shift=d/2=...
Macs2 bdgdiff是一种常用的基因组比较工具,用于比较两个ChIP-seq测序实验的测序深度数据,以便找出两者之间的差异。本文将介绍Macs2 bdgdiff的原理及其在基因组学研究中的应用。 我们需要了解什么是ChIP-seq。ChIP-seq是一种广泛应用于基因组学研究的技术,用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用。通过将特定的抗体与某个蛋...
macs2 callpeak -t H4K16ac.bam -c Control.bam (-f BAMPE --broad) -g dm -n H4K16ac -B -q 0.01 --outdir macs2/ 2>>log/macs2_log.txt & #单端,双峰模型: macs2 callpeak -t TF.bam -c Control.bam (-f BAM或AUTO -m 5 50) -g dm -n TF -B -q 0.01 --outdir macs2/...
macs2的基本命令 macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n prefix -q 0.00001 参数解读: -g 基因组的选择 -B 输出bgd文件,下游bigwig文件生成所需 -f 双端测序使用BAM...
MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak peaks.xlspeaks.narrowPeakOUTPUTFILEssummits.bedmodel.rmodel.pdftreat_pileup.bdgcontrol_lambda.bdg predictdpileuprefinepeaksbdgpeakcallbdgbroadcallbdgcmpOUTPUTpileup.bdgrefinepeak.bed bdgdif...
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q 0.01 其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定qvalue阈值。 查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息...
diffpeak bdgdiff bdgcmp bdgbroadcall MACS2–program(s) peaks.narrowPeak ChIPedsample “treat” Input/IgG “control” callpeak summits.bed peaks.xls model.r model.pdf INPUTDATA:alignedsequencereads O U T P U T F I L E s treat_pileup.bdg control_lambda.bdg refinepeaksrefinepeak.bed rand...
,diffpeak,bdgdiff,bdgcmp,bdgbroadcall,MACS2 program(s),peaks.narrowPeak,callpeak,summits.bed,peaks.x 4、ls,model.r,model.pdf,INPUT DATA: aligned sequence reads,OUTPUT FILEs,treat_pileup.bdg,control_lambda.bdg,refinepeaks,refinepeak.bed,randsample,filterdup,predictd,pileup,pileup.bdg,bdgpeak...
-t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参数指定基因组的有...
总结:Macs2是一个功能强大的ChIP-seq数据分析工具,可以用于高通量分析转录因子与基因组DNA的结合位点。它能够对数据进行预处理、标准化和峰值检测,以及进行后续的注释和富集分析等操作。在使用Macs2进行数据分析时,需要注意选择合适的参数设置,并结合其他工具进行数据后处理和生物学解释。©...