此工具有个 -f 参数。 -f/--format FORMAT Format of tag file, can be "ELAND", "BED", "ELANDMULTI", "ELANDEXPORT", "ELANDMULTIPET" (for pair-end tags), "SAM", "BAM", "BOWTIE", "BAMPE" or "BEDPE". Default is "AUTO" which will allow MACS to decide the format automatically. ...
macs2 chipseq转录因子参数 macs2 chipseq转录因子参数如下: 1. macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -q 0.01 以上参数仅供参考,建议咨询专业人士获取具体参数。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--control FILENAME表示处理样本和对照样本输入。其中-t必须,很好理解,没有处理组你还找啥Peak。 -f/--format FORMAT用来声明输入的文件格式,目前MACS能够识别的格式有 'ELAND', 'BED', 'ELANDMULTI', 'ELANDEXPORT', 'ELANDMULTIPET' (双...
# regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组-C/–CONTROL:control 或 mock(非特异性...
参数说明: (1) -t : t是treatment组的意思,意为实验组,如果有多个样本,可以写为 -t A B C。 (2) -c :c是control组的意思,即为实验组,如果有多个样本,同-t一样的用法。 (3) -n :n是name的首字母,就是给输出文件设置名字。 (4) -f :是format,即文件格式(ELAND,BED,SAM,BAM)等等。
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q 0.01 其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定qvalue阈值。 查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息...
第一页表示peak邻近区间正负链测序分布,用于评估d这个参数值,示意如下 第二页是cross-correlation分析的结果,示意如下 后缀为xls的文件是peak的输出结果,内容示意如下 #开头的是注释信息,显示了软件调用的具体命令和参数设置,便于核查;其他的行记录了peak的区间信息,这里的起始位置采用的是从1开始计数的方式。
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