此工具有个 -f 参数。 -f/--format FORMAT Format of tag file, can be "ELAND", "BED", "ELANDMULTI", "ELANDEXPORT", "ELANDMULTIPET" (for pair-end tags), "SAM", "BAM", "BOWTIE", "BAMPE" or "BEDPE". Default is "AUTO" which will allow MACS to decide the format automatically. ...
macs2 chipseq转录因子参数 macs2 chipseq转录因子参数如下: 1. macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -q 0.01 以上参数仅供参考,建议咨询专业人士获取具体参数。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--control FILENAME表示处理样本和对照样本输入。其中-t必须,很好理解,没有处理组你还找啥Peak。 -f/--format FORMAT用来声明输入的文件格式,目前MACS能够识别的格式有 'ELAND', 'BED', 'ELANDMULTI', 'ELANDEXPORT', 'ELANDMULTIPET' (双...
# regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组-C/–CONTROL:control 或 mock(非特异性抗...
参数说明: (1) -t : t是treatment组的意思,意为实验组,如果有多个样本,可以写为 -t A B C。 (2) -c :c是control组的意思,即为实验组,如果有多个样本,同-t一样的用法。 (3) -n :n是name的首字母,就是给输出文件设置名字。 (4) -f :是format,即文件格式(ELAND,BED,SAM,BAM)等等。
fori in *.bamdomacs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t$i-n$i-g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05done 基本选项 -t/--treatment FILENAME,IP 样本 这是MACS唯一的REQUIRED参数。文件可以是任何文件--format选项指定的受支持格式。检查 - 格式化详情。如果您有多个对齐文件,则可以指定 ...
#有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -c control.bam -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done #没有control数据 for i in *.bam do macs2 callpeak -f BAM -t $i -n $i -g hs --outdir ../macs2/ --bdg -q 0.05 done # -f 指...
国行ThinkPad笔记本报价 2024新款X1 智能本特价 (2024/12/18) 爱国者 2010-10-15 11/240939 lsd0200f 2016-4-1 23:34 联想Lenovo 家用 笔记本报价 新款Y7000P Y9000P 上市 (2024/12/17) 爱国者 2010-10-17 10/130294 lsd0200f 2016-3-29 05:39 ...
-g hs -t 参数指定抗体处理的样本,-c 指定 input 样本,值得一提的是, macs 支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的 bam 格式外, 还支持 SAM/BED 格式。 --outdir 指定输出结果的目录,-n 参数指定输出文件名的前缀, -g 参数指定基因组的有效大小,在 NGS 数据中,测序 reads 在基因 组上的覆盖度...