1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 ...
# regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组-C/–CONTROL:control 或 mock(非特异性抗...
macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参数指定基因组的...
# MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --outdir ChIP_seq/CallPeak 2>ChIP_seq/CallPeak...
这时我们就遇到一个问题了，上面说的是单端测序的时候，可是我们现在大多数都会使用双端测序。此工具有个 -f 参数。官方说了，此工具可以自动识别大部分输入文件的格式，但是无法区分出"BAMPE" 和 "BEDPE"，也就是无法识别是否是双端测序数据。我们使用“BAM”参数，即使是双端测序结果，软件也只保留...
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q 0.01 其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定qvalue阈值。 查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 There are seven major functions available in MACS serving as sub-com...
2.参数设置复杂:MACS2 的参数设置较为复杂,需要用户具备一定的生物信息学知识,否则可能影响分析结果。 【如何进行 Peak Calling】 进行Peak Calling 的基本步骤如下: 1.数据准备:首先需要对测序数据进行质量控制和比对,得到表达矩阵。 2.特征选择:根据实际需求选择合适的特征,如基因、转录本或外显子等。 3.建立模型...