运行成功后,会产生3个文件 diff_c1_vs_c2_c3.0_cond1.bed diff_c1_vs_c2_c3.0_cond2.bed diff_c1_vs_c2_c3.0_common.bed 其中, con1.bed保存了在condition1中上调的peak, con2.bed保存了在condition2中上调的peak, common.bed文件中保存的是没有达到阈值的,非显著差异peak。 上述3个文件格式是完全...
peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会...
NAME_peaks.broadPeakBED6+3格式与narrowPeak类似,只是没有第10列。 summits.bed, narrowPeak, bdg, xls四种输出文件的比较 xls文件 文件包含信息还是比较多的,和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才是bed格式的文件,另外还包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 对应,-log10pvalue,-log10qval...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs 1. 2. 3. 4. 5. 6. -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
callpeak结果文件说明 callpeak会得到如下文件: NAME_peaks.xls: 以表格形式存放peak信息,虽然后缀是xls,但其实能用文本编辑器打开,和bed格式类似,但是以1为基,而bed文件是以0为基.也就是说xls的坐标都要减一才是bed文件的坐标 染色体 peak起始位点
第一页表示peak邻近区间正负链测序分布,用于评估d这个参数值,示意如下 第二页是cross-correlation分析的结果,示意如下 后缀为xls的文件是peak的输出结果,内容示意如下 #开头的是注释信息,显示了软件调用的具体命令和参数设置,便于核查;其他的行记录了peak的区间信息,这里的起始位置采用的是从1开始计数的方式。
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...