在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 $ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会...
peak区域长度 peak的峰值位点(summit position) peak 峰值的高度(pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit) peak的富集倍数(相对于random Poisson distribution with local lambda) Coordinates in XLS is 1-based which is different with BED formatXLS里的坐标和bed格式的坐标还不一...
macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120# condition2 macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行...
macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 # condition2 macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 1. 2. 3. 4. 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如...
--broad--cutoff: 用于过滤broad得到的peak,默认是q值,如果设置-p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本的分析结果,可以有选择地使用下面的参数符合特定项目的需求。 比较基础的参数: -s/--tsize: 二代测序读长,MACS会用前面10个序列进行推测。
--broad--cutoff: 用于过滤broad得到的peak,默认是q值,如果设置-p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本的分析结果,可以有选择地使用下面的参数符合特定项目的需求。 比较基础的参数: -s/--tsize: 二代测序读长,MACS会用前面10个序列进行推测。
测序数据过滤 测序下机的原始数据(raw reads),包含带接头和低质量的 reads。为保证后续分析的准确性,必须对原始数据进行过滤,得到 clean reads。后续的分析都是基于 clean reads。 Peak Calling Peak Calling,利用计算的方法找到ChIP-seq或ATAC-seq中 reads 富集的基因组区域。 软件使用的小技巧 软件的具体使用不用...
如果你计划使用samtools/picard或任何其他工具来过滤重复的reads,请删除这些重复的reads并保存一个新的文件,然后要求MACS2通过“--keep-dup all”来保留所有reads。默认情况下,在同一位置保留一个标签。默认值1。 例如: #双端测序,宽峰: macs2 callpeak -t H4K16ac.bam -c Control.bam (-f BAMPE --broad...
--broad:使用该参数后,MACS进行宽峰的callpeak。 --broad-cutoff:宽峰的统计值cutoff。默认使用q值过滤不显著的峰,如果加了-p就用p值过滤。 示例用法 # 常规转录因子ChIP-seq的peak calling: $macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 ...
--broad--cutoff: 用于过滤broad得到的peak,默认是q值,如果设置-p就用p值。 上面的基本参数可以用在最初的分析。根据基本的分析结果,可以有选择地使用下面的参数符合特定项目的需求。 比较基础的参数: -s/--tsize: 二代测序读长,MACS会用前面10个序列进行推测。