python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n fileprefix -B -q 0.01 Example for broad peak calling: python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 There are seven major functions available in MACS serving as sub-com...
MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录添加到环境变量中),安装方法为: 下载安装anaconda2 $ wget -c -P basic_tool/ https://repo.continuum.io/archive/Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh $ sh Anaconda2-...
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二、数据下载与比对(sra-tools, fastqc, multiqc, trim_galore, bowtie2, samtools) 三、数据分析与画图 (masc2, igv, R/Python) 一、软件下载与基本概念 首先,我们将所需软件下载到Linux,同时在等待软件安装时了解一些基本概念。 1.1 软件下载 推荐使用“Anaconda”安装和管理软件,具体可以查看这篇文章: 梨酱...
$ python setup.py install出现如下问题: MACS2/cProb.c -o error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation. error: command 'gcc' failed with exit status 1.后来更新了gcc(见我的日志 《Ubuntu安装与更新GCC》),安装了gcc4.7.0,同样运行了1),结果同样!(...
sudo yum install python3 python3-pip 或者,对于使用dnf的系统(如Fedora 22+): bash sudo dnf install python3 python3-pip 3. 下载MACS2安装包 你可以从MACS2的官方网站或其他可靠的软件仓库下载最新的安装包。通常,你可以通过以下命令使用pip直接安装MACS2: bash pip3 install MACS2 4. 解压并安装MAC...
MACS2这个软件是目前用的比较多,也是大家比较认可的一款软件。MACS2是一个用python2.7写的工具,所以当你同时在使用python3.6和python2.7时,使用前请务必激活python2.7(将 python2.7/anaconda2 的安装目录添加到环境变量中),安装方法为: 下载安装anaconda2
看很多教程说macs2需要python2的环境,但是建立了python2.7的小环境,安装后一直报错.pip或者conda安装方式试过了都不行.现在macs2已经支持python3了,所有在python3环境下安装就行了.
通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。 对于使用macs2来进行差异peak的完整流程,官方给出了详细的说明文档,链接如下 ...
If not already present in the meta.yaml, make sure to specifyrun_exports(seeherefor the rationale and comprehensive explanation). Add arun_exportssection like this: build:run_exports: -... with...being one of: while replacing"myrecipe"with eithernameif aname|lowervariable is defined in your...