在网上查到一个资料,说需要的Cython版本应该>=0.14.1(https://github.com/taoliu/MACS/issues/3)。2)安装Cython在网上下载Cython0.16,运行命令行: sudoapy−getinstallpython−devsudoapy−getinstallpython−dev cd Cython-0.16/ $ sudo python setup.py install...
“could not build wheels for macs2”错误通常是由于缺少编译工具、依赖库或Python版本不兼容导致的。 遇到“could not build wheels for macs2, which is required to install pyproject.toml”错误时,你可以尝试以下几种解决方案: 安装编译工具和依赖库: 对于Linux系统,确保安装了GCC、Make等编译工具,以及Python开...
在网上查到一个资料,说需要的Cython版本应该>=0.14.1(https:///taoliu/MACS/issues/3)。 2)安装Cython 在网上下载Cython0.16,运行命令行: $ sudo apy-get install python-dev $ cd Cython-0.16/ $ sudo python setup.py install 3) 安装 MACS2 $ cd MACS-2.0.9 $ sudo python setup.py install 4) ...
MACS是一款最为流行的peak calling软件,最初是针对转录因子的chip数据来设计的,在最新版本中,也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0,官网如下 https://github.com/taoliu/MACS 在2.0版本中提供了以下多个子命令 callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd p...
二、数据下载与比对(sra-tools, fastqc, multiqc, trim_galore, bowtie2, samtools) 三、数据分析与画图 (masc2, igv, R/Python) 一、软件下载与基本概念 首先,我们将所需软件下载到Linux,同时在等待软件安装时了解一些基本概念。 1.1 软件下载 推荐使用“Anaconda”安装和管理软件,具体可以查看这篇文章: 梨酱...
pythonanacondahttp 1. 软件安装整个过程基本是从零开始,也就是说服务器没有安装任何所需软件。因为我平时会用到Python,所以第一步安装的是Anaconda,版本是Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh. Ananconda是一个用于科学计算的Python发行版,能够方便解决多版本Python并存(后面会看到)、切换以及各种第三方包安装问题(最...
Python是一种跨平台的计算机程序设计语言。 是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。最初被设计用于编写自动化脚本(shell),随着版本的不断更新和语言新功能的添加,越多被用于独立的、大型项目的开发。 Web 和 Internet开发用Python ...
MACS2不知道为什么在python3里面安装了之后不能用,好像是numpy版本的问题,经检验python2.7依然可用。 显示报错为 ValueError:numpy.ufunc size changed,may indicate binary incompatibility.Expected216fromCheader,got192fromPyObject 解决方案 conda create-n py27 python=2.7conda activate py27 ...
运行macs2的时候出现了报错,试了几种方法,把MACS单独安装在一个环境变量,升级下python3,结果都还是报错 image.png 经过jimmy大神的协助,安装了libgfortran==1,进行版本降级 conda install libgfortran==1 然后成功debug macs2 callpeak-c IgGold.bam-t ring1B.bam-q0.05-f BAM-g mm-n ring1B2/ring1B.mac...
MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下 通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差异peak进行设计,适用于没有生物学重复的情况。