高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
1)参与该途径的细胞mRNA差异甲基化可以控制EBV再激活引起的IFN信号反应。 ebv潜伏期和再激活期间,对EBV阳性LCL和Akata细胞分离的RNA进行了MeRIP-seq分析,发现了从数百到1600多个不同数量的甲基化峰(图1B)。进一步分析了潜伏和裂解复制之间基因的差异甲基化,发现在LCL和Akata中,与潜伏(3个mRNA)相比,裂解再激活过程...
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
本研究鉴定了大约克猪(Large White, LW)和宁乡猪(Ningxiang, NX)不同品种新生仔猪肌肉发育过程中的差异表达基因,并通过MeRIP-seq绘制了m6A甲基化模式。研究结果表明,m6A修饰在肌肉发育的新生仔猪阶段调控肌肉细胞发育、肌原纤维、细胞周期和磷酸酶调节活性。且LW和NX猪中差异表达基因主要富集在参与蛋白质合成通路中。对...
MeRIP-seq(m6A-seq)是在全转录组水平上鉴定m6A修饰的常用方法,有以下三种研究思路: 1. 单组学分析揭示m6A的整体信息。在这里,我们可以只通过测一个组学,进行m6A Peak特征分析以及甲基化差异和富集分析,从而探究实验处理对m6A的整体影响。 2. 多组学关联分析。可以结合转录组测序探究RNA转录调控因素对于基因表达及表型...
总的来说,MeRIP-seq分析分别在shNC和shMETTL14细胞中鉴定出5461个和2861个peaks峰。此外,m6A信号在3′ UTR中大量富集。为了评估基因表达的改变是否是由m6A修饰引起的,研究人员将MeRIP-seq中282个减少的m6A峰和RNA-seq中377个改变的基因重叠,发现11个基因都被检测到。其中内源性血管生成抑制因子THBS1表现出最一致...
merip-seq技术通过特异性的抗m6A抗体结合m6A修饰的RNA,然后进行测序分析,从而实现对m6A修饰的识别和定位。 1. m6A修饰的原理 m6A修饰是一种在RNA分子中常见的化学修饰形式,它是通过甲基转移酶复合物在RNA分子上的特定位置N6位甲基化而成。m6A修饰在调控RNA的稳定性、转录和翻译过程中起着重要作用,对于细胞的功能和...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
图1:MeRIP-seq实验和DMR检测示意图 MeRIP-seq从RNA样本生成配对的IP数据和input对照数据。将测序reads比对至参考基因组,然后通过最近开发的统计方法鉴定差异甲基化区域(DMR)。其核心统计模型和特征列于饼图内圆,下游对DMR基因进行peak注释、biomarker发现、通路(pathway)鉴定和基因本体(GO)分析。