随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
m6A修饰RNA表达水平定量检测(MeRIP-qPCR)是将RNA免疫共沉淀与荧光定量PCR相结合的技术,通过特异性抗体富集total RNA中发生m6A甲基化修饰的RNA,借助特异性引物实现对m6A修饰的mRNA、lncRNA或circRNA进行定量的目的,可以应用于经MeRIP-seq发现的m6A修饰的基因(或已知的某个靶基因)在组间样本中m6A修饰水平的差异验证。
MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR 的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相...
m6A甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)是一种检测m6A修饰状态并在全转录组范围内定位m6A RNA修饰位置的方法。riboMeRIPTM m6A Transcriptome Profiling Kit 使用MeRIP方法进行m6A RNA修饰的鉴定和转录组分析。在MeRIP实验中,将RNA片段化后,使用针对m6A的单克隆抗体进行免疫沉淀。回收RNA后可进行qRT-PCR(MeRIP-qPCR)或RNA测序(MeR...
由于YTHDF1的m6A reader功能,通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)以鉴定m6A修饰的转录本。通过筛选参与TNF信号通路的mRNA m6A peaks,鉴定出两个p65 mRNA终止密码子周围的m6A位点(图5B),并通过MeRIP-qPCR进行验证(图5C)。通过RNA免疫沉淀(RIP)测序和抗YTHDF1抗体的RIP-qPCR鉴定出YTHDF1和p65 mRNA之间的直接互作(图5D...
B. 检测目标基因的m6A甲基化变化:MeRIP-qPCR C. 检测荧光素酶报告基因的mRNA表达水平:RT-qPCR D. 检测目标基因蛋白质表达水平:Western blot E. 检测细胞功能受到的影响:免疫荧光显微观察功能标志物测定... ... (4)研究目标基因的m6A甲基化如何影响目标基因表达 ...
锐博生物提供的MeRIP-Seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing)利用单克隆抗体抓取存在m6A修饰的RNA片段,结合高通量测序,实现转录组学范围内的m6A peak检测与motif分析,覆盖从m6A-IP、建库测序分析及MeRIP-qPCR一站式服务。 锐博优势技术特色 1、平台完整: MeRIP实验—建库测序分析—MeRIP qPCR验证,真正一站式服...
检测目标基因的m6A甲基化变化:MeRIP-qPCR 检测目标基因的mRNA水平:RT-qPCR 检测目标基因蛋白质水平:Western blot 检测细胞功能/表型变化 (3)靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验,检测某区域m6A修饰是否真的影响目标基因的表达 目的基因m6A甲基化干扰细胞系的构建:荧光素酶活性分析实验(Luciferase activity assay)——构建...
MeRIP-qPCR 表明,m6A 抗体富集了 MTHFD2 mRNA,并且在敲低 METTL3 后这种富集显着减少(图 3C)。RNA 稳定性测定显示,IGF2BP2敲低降低了 MTHFD2 mRNA 在 KYSE30 和 KYSE410 细胞中的稳定性 (Fig. 3D)。双荧光素酶报告基因实验...
采血、取心脏,检测血清TC和TG含量,酶联免疫吸附测定检测心脏组织TG含量,RT-qPCR检测m6A调节因子,Western blot检测METTL3和FTO蛋白表达,比色法检测心脏组织m6A RNA甲基化含量,MeRIP-seq检测HFD-SED组和HFD-EX组小鼠心脏circRNAs m6A甲基化修饰,SRAMP预测发生m6A甲基化差异和表达差异的circRNA甲基化位点,MeRIP-qPCR验证其...