随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 其次,我们知道m6A修饰的过程离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)和阅读蛋白(reader)的作用,如下图展示了与m6A修饰作用相关的各种RNA结合蛋白: 所以RNA-...
m6A修饰RNA表达水平定量检测(MeRIP-qPCR)是将RNA免疫共沉淀与荧光定量PCR相结合的技术,通过特异性抗体富集total RNA中发生m6A甲基化修饰的RNA,借助特异性引物实现对m6A修饰的mRNA、lncRNA或circRNA进行定量的目的,可以应用于经MeRIP-seq发现的m6A修饰的基因(或已知的某个靶基因)在组间样本中m6A修饰水平的差异验证。
一、m6A区域验证 首先,如果需要对m6A修饰位点进行严格的验证,可以用下面这个方法: 1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR,也叫MeRIP-qPCR,即m6A抗体富集到带甲基化修饰的RNA,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 二、m6A相关蛋白结合验证 m6A修饰的过程,离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)...
由于YTHDF1的m6A reader功能,通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)以鉴定m6A修饰的转录本。通过筛选参与TNF信号通路的mRNA m6A peaks,鉴定出两个p65 mRNA终止密码子周围的m6A位点(图5B),并通过MeRIP-qPCR进行验证(图5C)。通过RNA免疫沉淀(RIP)测序和抗YTHDF1抗体的RIP-qPCR鉴定出YTHDF1和p65 mRNA之间的直接互作(图5D...
锐博生物提供的MeRIP-Seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing)利用单克隆抗体抓取存在m6A修饰的RNA片段,结合高通量测序,实现转录组学范围内的m6A peak检测与motif分析,覆盖从m6A-IP、建库测序分析及MeRIP-qPCR一站式服务。 锐博优势技术特色 1、平台完整: MeRIP实验—建库测序分析—MeRIP qPCR验证,真正一站式服...
由于YTHDF1的m6A reader功能,通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)以鉴定m6A修饰的转录本。通过筛选参与TNF信号通路的mRNA m6A peaks,鉴定出两个p65 mRNA终止密码子周围的m6A位点(图5B),并通过MeRIP-qPCR进行验证(图5C)。通过RNA免疫沉淀(RIP)测序和抗YTHDF1抗体的RIP-qPCR鉴定出YTHDF1和p65 mRNA之间的直接互作(图5D...
图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 ...
检测目标基因的m6A甲基化变化:MeRIP-qPCR 检测目标基因的mRNA水平:RT-qPCR 检测目标基因蛋白质水平:Western blot 检测细胞功能/表型变化 FB23-2给药后,大脑损伤组神经功能缺陷评分显著变差 (3)靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验,检测某区域m6A修饰是否真的影响目标基因的表达 ...
通过MeRIP-seq鉴定METTL14靶点 THBS1受METTL14介导的m6A修饰调控 为了验证THBS1是否是METTL14介导的m6A修饰的靶标,研究人员在PCa细胞中进行了MeRIP-qPCR。结果显示,METTL14敲低时,THBS1的m6A富集显著降低。此外,THBS1 mRNA和蛋白质水平在PCa METTL14敲低细胞中均增加。免疫荧光检测显示METTL14蛋白定位于细胞核,THBS1...