与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达水平(共表达了多少转录本)。 2)MeRIP
不同颜色表示RNA表达或m6A甲基化水平不同变化。 热图显示了27个甲基化水平有显著差异基因的表达情况。 IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。 qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。 在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。 (...
与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达水平(共表达了多少转录...
不同颜色表示RNA表达或m6A甲基化水平不同变化。 热图显示了27个甲基化水平有显著差异基因的表达情况。 IgG作为阴性对照,通过MeRIP-qPCR验证5个m6A甲基化基因。 qPCR分析显示,与NX猪相比,LW猪中5个高表达上调基因的表达增加。 在SH3BP4基因位点上,IGV可视化显示RNA-seq(灰色)数据和MeRIP-seq(红色和蓝色)数据。 (...
qPCR实验检测NX和LW猪肌肉中与m6A相关基因的表达水平。代表性NX和LW猪背最长肌切片中FTO(绿色)图像;DAPI用于核染色(蓝色)。Western blotting实验结果表明,在LW猪肌肉中FTO表达水平升高,METTL4表达水平降低。使用ImageJ软件对m6A水平进行定量分析。Western blotting实验结果表明,在分化后第0、2和4天,猪卫星细胞(PSCs)...
qPCR实验检测NX和LW猪肌肉中与m6A相关基因的表达水平。 代表性NX和LW猪背最长肌切片中FTO(绿色)图像;DAPI用于核染色(蓝色)。 Western blotting实验结果表明,在LW猪肌肉中FTO表达水平升高,METTL4表达水平降低。 使用ImageJ软件对m6A水平进行定量分析。 Western blotting实验结果表明,在分化后第0、2和4天,猪卫星细胞(...
Hspa1a终止密码子附近的m6A峰具有高丰度和特异性。 Western Blot分析METTL3沉默后Hspa1a蛋白水平(n=3)。 免疫荧光检测Hspa1a表达,bar=20μm(n=3)。 RIP-qPCR研究Hspa1a mRNA-METTL3蛋白的直接互作(n=3)。 MeRIP-qPCR分析Hspa1a m6A修饰(n=3)
图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 ...
首先我们需要明确的是,MeRIP-qPCR的目的是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。 得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(可以大致理解为:这个转录本表达了很多条,其中百分之多...
qPCR实验检测NX和LW猪肌肉中与m6A相关基因的表达水平。代表性NX和LW猪背最长肌切片中FTO(绿色)图像;DAPI用于核染色(蓝色)。Western blotting实验结果表明,在LW猪肌肉中FTO表达水平升高,METTL4表达水平降低。使用ImageJ软件对m6A水平进行定量分析。Western blotting实验结果表明,在分化后第0、2和4天,猪卫星细胞(PSCs)...