高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
4. 通过插入点突变破坏m6A甲基化位点来验证m6A甲基化对其稳定性和表达水平的影响。 No.3研究结果 1)参与该途径的细胞mRNA差异甲基化可以控制EBV再激活引起的IFN信号反应。 ebv潜伏期和再激活期间,对EBV阳性LCL和Akata细胞分离的RNA进行了MeRIP-seq分析,发现了从数百到1600多个不同数量的甲基化峰(图1B)。进一步分析...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
技术平台:m6A-seq(MeRIP-seq)、polysomal-seq(翻译组)、qRT-PCR、Dot-blot等 研究摘要: 本研究为了检测m6A修饰在冷胁迫应激响应中的作用,对冷胁迫(chilling stress)(4°C)24小时的拟南芥幼苗中进行了甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq),在转录组范围进行m6A甲基化分析,分析揭示了m6A修饰在低温胁迫下的大范围变化。
图4:RNA-seq和MeRIP-seq联合分析发现NR4A2是甲硫氨酸的一个重要下游基因 (5)甲硫氨酸通过SAM-METTL3-m6A - IGF2BP2级联增强NR4A2 mRNA的稳定性,从而刺激NR4A2表达 作者使用RNA-seq、qPCR、Western blot和 IHC 检测法进行的分析表明,在体外和体内模型中,甲硫氨酸都能在 mRNA 和蛋白质水平上诱导 ESCC 中 NR4...
本研究鉴定了大约克猪(Large White, LW)和宁乡猪(Ningxiang, NX)不同品种新生仔猪肌肉发育过程中的差异表达基因,并通过MeRIP-seq绘制了m6A甲基化模式。研究结果表明,m6A修饰在肌肉发育的新生仔猪阶段调控肌肉细胞发育、肌原纤维、细胞周期和磷酸酶调节活性。且LW和NX猪中差异表达基因主要富集在参与蛋白质合成通路中。对...
MeRIP-seq(m6A-seq)是在全转录组水平上鉴定m6A修饰的常用方法,有以下三种研究思路: 1. 单组学分析揭示m6A的整体信息。在这里,我们可以只通过测一个组学,进行m6A Peak特征分析以及甲基化差异和富集分析,从而探究实验处理对m6A的整体影响。 2. 多组学关联分析。可以结合转录组测序探究RNA转录调控因素对于基因表达及表型...
Arraystar解决方案:对经MazF酶处理的,因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段,以及未经MazF酶处理的Input RNA,进行双色标记,然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交,从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值。 无法进行m6A定量 m6A/MeRIP-seq技术不能对m6A进行定量,无法检测m6A修饰位点的修饰比例。这些信息的缺失严重阻碍了m6A位点...
merip-seq技术是以m6A修饰的特异性抗体为基础的RNA测序方法。该技术首先利用抗m6A抗体特异性地结合m6A修饰的RNA分子,然后通过抗体-RNA复合物的沉淀和纯化,将m6A修饰的RNA分子与未修饰的RNA分子进行分离。接下来,对分离得到的m6A修饰的RNA分子进行测序分析,从而得到m6A修饰的RNA的鉴定和定位信息。 3. merip-seq技术的...
由于YTHDF1的m6A reader功能,通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)以鉴定m6A修饰的转录本。通过筛选参与TNF信号通路的mRNA m6A peaks,鉴定出两个p65 mRNA终止密码子周围的m6A位点(图5B),并通过MeRIP-qPCR进行验证(图5C)。通过RNA免疫沉淀(RIP)测序和抗YTHDF1抗体的RIP-qPCR鉴定出YTHDF1和p65 mRNA之间的直接互作(图5D...