高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
将TRESS、exomePeak、exomePeak2、MeTDiff和RADAR方法应用于该真实数据,以鉴定m6A差异甲基化。同时还采用了适用于分析MeRIP-seq数据的MACS3方法。MACS3已被先前的几项研究表明其作为MeRIP-seq数据差异分析的有效工具的潜力。该研究只分析以BAM文件为input比较的方法,因此排除了QNB和DRME等以reads计数矩阵为input的方法。
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
技术平台:MeRIP-seq、miCLIP-seq、RNA-seq、CUT&Tag、单细胞测序等 研究摘要: 本研究旨在探讨组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的调控作用。 研究通过组蛋白修饰抑制剂筛选研究了HDACis对眼部黑色素瘤细胞的作用。使用Dot blot法检测整体m6A RNA修饰水平。 利用RNA-seq、CUT&Tag、单细胞测序、甲基化RNA免...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应...
MeRIP-Seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing)通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究,揭示疾病或者某一生命过程中RNA甲基化修饰的变化及相应关系,即揭示疾病特异性m6A甲基化图谱。
MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
常规m6A MeRIP-seq中Input和IP构成一对组合。IP样品使用m6A抗体特异性富集具有甲基化修饰的RNA,而Input则是仅含有RNA的对照,通过消除背景噪音和峰值PEAK计算,将两个样本不同m6A区域计算出来。 2. MeRIP-seq后续的实验怎么安排? 在利用MeRIP-seq得到m6A甲基化差异基因后,下一步可以通过MeRIP-qPCR直接对该基因进行验证...