高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
将TRESS、exomePeak、exomePeak2、MeTDiff和RADAR方法应用于该真实数据,以鉴定m6A差异甲基化。同时还采用了适用于分析MeRIP-seq数据的MACS3方法。MACS3已被先前的几项研究表明其作为MeRIP-seq数据差异分析的有效工具的潜力。该研究只分析以BAM文件为input比较的方法,因此排除了QNB和DRME等以reads计数矩阵为input的方法。
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该研究旨在探索RNA修饰在休眠期转录休眠调控中的潜在功能,通过m6A MeRIP–seq、ChIP-seq、RNA-seq等测序分析,揭示了m6A RNA甲基化协调多能性暂停期间的转录休眠机制。
图1:m6A甲基化和去甲基化示意图 目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 服务...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
Arraystar解决方案:与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同,芯片利用了RNA酶MazF对m6A的敏感性,提供了一种不依赖于抗体的系统性检测m6A的方法。 有限的分辨率 经典的m6A-seq技术可将m6A定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法(比如miCLIP-seq)通过将m6A抗体和其结合的RN...
本研究应用MeRIP-seq,ChIP-seq,RNA-seq等技术,通过敲除N-Myc以及抑制 mTOR 诱导胚胎干细胞暂停发育等手段,探索RNA修饰在休眠期转录休眠调控中的潜在功能,发现小鼠胚泡和胚胎干(ES)细胞的发育暂停需要 Mettl3 对 N6 -甲基腺苷(m6A)...
MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可...