随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
iHope for Rare Pediatric Diseases Announcing Illumina Complete Long Reads Illumina Complete Long Read technology enables both long and short reads on the same NovaSeq instrument Learn more Science and Education/All Methods/MeRIP-Seq/m6A-seq MeRIP-Seq/m6A-seq...
MeRIP-Seq (m6A-seq, m1A-seq, m5C-seq, m7G-seq) m6A研究背景 m1A研究背景 m5C研究背景 m7G研究背景 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6...
m6A甲基化组学&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m6A修饰目标基因的筛选策略; 进一步验证或后期试验。 五、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)研究项目案例 标题:Sevoflurane impairs m6A-mediated mRNA translation and leads to fine motor and cognitive deficits七氟烷麻醉破坏m6A介导的mR...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。
RNA甲基化是近年来研究基因表达调控转录后变化的重要研究领域,包括N6-甲基腺苷(m6A)在内的各种类型RNA甲基化参与人类疾病发展。MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异...
这篇文章是典型的“转录组+m6A关联”的文章,在利用mRNA-seq和m6A-seq证明了DHPS通过m6A甲基化修饰来维持mRNA稳定性的基础上,作者加入了二者的关联分析及后续的实验验证,探究了DHPS在…
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。
鉴定差异m6A修饰后,再对差异m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (五)mRNA基因表达水平分析 m6A-seq的input文库相当于RNA-seq文库,可以用于分析基因表达量及鉴定差异表达基因。通过定位到基因组区域或者基因外显子区的测序序列(read)的计数来估计基因的表达水平。Read计数除了与基因的真实表达水平成正比外,还...