三个真实数据集分析表明,这些方法在鉴定DMR长度和唯一发现区域有不同偏好性。 图1:MeRIP-seq实验和DMR检测示意图 MeRIP-seq从RNA样本生成配对的IP数据和input对照数据。将测序reads比对至参考基因组,然后通过最近开发的统计方法鉴定差异甲基化区域(DMR)。其核心统计模型和特征列于饼图内圆,下游对DM
3、填写需求信息并提交,选择需要委托的测序服务类型MeRIP-seq,并填写样本等信息,直接提交成功。 关于m6A研究背景 请登陆锐博生物官网www.ribobio.com,花3分钟注册一个账户,即可在线委托MeRIP-seq整体服务啦~~~ m6A修饰普遍存在于mRNA 和多种类型的非编码RNA,通过影响RNA加工成熟、稳定性、mRNA运输与翻译、RNA编辑等方...
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么...
高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
MeRIP-Seq (m6A-seq, m1A-seq, m5C-seq, m7G-seq) m6A研究背景 m1A研究背景 m5C研究背景 m7G研究背景 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6...
MeRIP-seq(m6A-seq)是在全转录组水平上鉴定m6A修饰的常用方法,有以下三种研究思路: 1. 单组学分析揭示m6A的整体信息。在这里,我们可以只通过测一个组学,进行m6A Peak特征分析以及甲基化差异和富集分析,从而探究实验处理对m6A的整体影响。 2. 多组学关联分析。可以结合转录组测序探究RNA转录调控因素对于基因表达及表型...
大多数上调基因(1776/2841,62.5%)表现出差异m6A甲基化水平(meRIP-seq和miCLIP-seq数据),表明HDAC抑制可能调控整体m6A甲基化模式。随后利用dot blot法检测整体m6A甲基化水平,结果揭示黑色素瘤细胞中的m6A甲基化水平低于正常黑色素细胞,这与黑色素瘤中的其他m6A发现一致。研究发现经LBH589处理后,眼部黑色素瘤细胞中的...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。
(4)全基因组MeRIP-seq和RNA-seq鉴定出PELI2是ALKBH5的下游靶标 图4:在人表皮样本和角质形成细胞系中受ALKBH5调控的m6A修饰基因表征 m6A修饰下游分析流程图。MeRIP-seq鉴定出人类表皮样本和角质形成细胞系共有的3710个基因,在3'UTR中具有特异性m6A peaks。RNA-seq在 ALKBH5敲低后鉴定出306个下调基因;以|FC|<...