单细胞转录组测序(scRNA-seq)发现sp8阳性的神经元中YTHDF1的表达下降在中间神经元中最为明显,而这部分神经元,后续会发育成VIP中间神经元。YTHDF1的功能主要是识别RNA上的甲基化位点。通过RIP实验(RNA结合蛋白免疫沉淀)和m6A-seq测序分析发现m6A被高度富集在突触素(Synaptophysin)的mRNA上,同时Synaptophysin的mRNA上有Y...
3、填写需求信息并提交,选择需要委托的测序服务类型MeRIP-seq,并填写样本等信息,直接提交成功。 关于m6A研究背景 请登陆锐博生物官网www.ribobio.com,花3分钟注册一个账户,即可在线委托MeRIP-seq整体服务啦~~~ m6A修饰普遍存在于mRNA 和多种类型的非编码RNA,通过影响RNA加工成熟、稳定性、mRNA运输与翻译、RNA编辑等方...
MeRIP-Seq (m6A-seq, m1A-seq, m5C-seq, m7G-seq) m6A研究背景 m1A研究背景 m5C研究背景 m7G研究背景 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6...
高通量测序数据(如批量RNA-seq)的差异表达分析准确性高度依赖于表达水平,因此本研究按input范围分层检测DMR准确性。根据input对照分布,候选区域根据其平均input计数分为五层:第一层1(0~10)、第2层(10~20)、第3层(20~40)、第4层(40~80)和第5层(80~+∞). 以0.05值为标称值显著性水,所有方法在5个分层中...
但是MeRIP-seq只能鉴定m6A高甲基化的区域，并不能做到单碱基的分辨率。送样要求建议为肝脏、脑等转录较...
第三列显示MeRIP-seq数据的m6A状态(+表示m6A阳性;-表示m6A阴性)(+IFN-β 8h;n=3个生物学重复)。基因包括RNA-seq的IFN诱导超过2倍的任何ISG,这些ISG也可以通过质谱法检测到,其他图中的ISG以粗体显示。由于IFITM1/2/3相似,因此使用此表示法表示从该蛋白质家族中检测到的肽;RNA-seq倍数变化和m6A状态对应于带...
一、技术原理：甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验基于表观转录组学，研究RNA上的化学修饰如何调节基因表达。m6A修饰，即腺苷酸N6位的甲基化，是mRNA上含量最高的修饰，参与mRNA的生命周期，如稳定性调控、RNA结构调控和microRNA靶标识别等。m6A修饰主要富集在终止密码子和3’UTR附近，通过特定...
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): 基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP);非抗体依赖的测序技术...
3′ UTR和5′ UTR区域的m6A修饰都与基因表达呈正相关,而mRNA其他区域的m6A修饰会导致拟南芥的基因表达降低(案例解析:m6A-seq揭示拟南芥RNA甲基化独特特性 | m6A专题)。 ECT2蛋白作为YTHDF2人同源蛋白,不仅调控核内的3′UTR加工,还通过结合带有m6A修饰的碱基,在促进mRNA稳定和控制胞质内的mRNA命运中起着关键作用(...
CT26细胞的MeRIP-seq测序分析结果表明RELA(p65)mRNA的最后一个外显子(last exon)或3’UTR上的m6A修饰。 设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。