随着对RNA甲基化修饰,尤其是m6A修饰在细胞功能中作用的深入理解,MeRIP-seq技术已成为研究这一领域的重要工具。从常规MeRIP-seq到微量MeRIP-seq的优化,这一技术的应用范围不断扩大,为珍稀样本的研究提供了可能。此外,MeRIP-qPCR、SELECT法和OCPDIA法等后续验证技术的应用,进一步提高了我们对m6A修饰位点的认识精度。这些...
选择已知 m6A 修饰的功能基因作为潜在目标转录本,筛选标准包括转录本的 RPKM 值在m6Amerip-seq中大于 300 以及在目标转录本特定区域只识别出一个 m6A 峰位点,据此选了 GhECA1(其 3' UTR 中有单个 m6A 位点)和 GhDi19(其 5' UTR 中有特异性 m6A 峰位点)作为目标转录本,还通过 “SELECT” 方法确认目标区域...
选择已知 m6A 修饰的功能基因作为潜在目标转录本,筛选标准包括转录本的 RPKM 值在m6Amerip-seq中大于 300 以及在目标转录本特定区域只识别出一个 m6A 峰位点,据此选了 GhECA1(其 3' UTR 中有单个 m6A 位点)和 GhDi19(其 5' UTR 中有特异性 m6A 峰位点)作为目标转录本,还通过 “SELECT” 方法确认目标区域...
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基...
图4:RNA-seq和MeRIP-seq联合分析发现NR4A2是甲硫氨酸的一个重要下游基因 (5)甲硫氨酸通过SAM-METTL3-m6A - IGF2BP2级联增强NR4A2 mRNA的稳定性,从而刺激NR4A2表达 作者使用RNA-seq、qPCR、Western blot和 IHC 检测法进行的分析表明,在体外和体内模型中,甲硫氨酸都能在 mRNA 和蛋白质水平上诱导 ESCC 中 NR4...
Arraystar解决方案:对经MazF酶处理的,因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段,以及未经MazF酶处理的Input RNA,进行双色标记,然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交,从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值。 无法进行m6A定量 m6A/MeRIP-seq技术不能对m6A进行定量,无法检测m6A修饰位点的修饰比例。这些信息的缺失严重阻碍了m6A位点...
m6A-meRIP-seq结果解读(五) ③生信分析结果 (1)如何进行数据筛选? 大体了解分析流程和分析结果后,小编建议您可先从联合分析结果部分进行感兴趣或候选基因筛选,筛选策略如下:(1)已有候选基因:可直接进行筛选;(2)暂无候选筛选目标时,可以从FC值和P值角度进行后续基因筛选;(3)由于m6A可能调控基因的表达,因此可以从...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可...
GenSeq® m6A MeRIP 试剂盒 GS-ET-001 Instruction Manual Version 1.03 试剂盒组分 (10 次反应&) 10x Fragmentation Buffer 体积 0.5 mL Stop Buffer 0.5 mL PC Buffer 0.5 mL PC Enhancer 12 µL 5 x IP buffer 5 mL m6A antibodies 22 µL IgG antibodies 11 µL LB Buffer 5 mL HS Buffer...